农民工工资保函应当在工程取得施工许可证（开工报告批复）之日起20个工作日内办理。具体分析如下：

一. 办理时间

• 根据相关规定，施工总承包单位应当自工程取得施工许可证（开工报告批复）之日起20个工作日内，在符合规定的担保保证人处办理保函、保险。这一规定确保了农民工工资保函的及时办理，为农民工工资的支付提供了保障。

二. 法律依据

• 《深圳市工程建设领域农民工工资保证金管理办法》第八条第一款及第二款明确规定：行业工程建设主管部门应当在颁发施工许可证或批准开工报告时，告知相关单位及时存储工资保证金。施工总承包单位应当自工程取得施工许可证（开工报告批复）之日起20个工作日内（依法不需要办理施工许可证或批准开工报告的工程、实施开工备案制的工程自签订施工合同之日起20个工作日之内），办理保函、保险。

三. 实际办理流程

• 建设单位或施工总承包企业需要按照规定的流程提交申请材料，包括中标通知书复印件、建设工程施工合同复印件以及《开具保险(保函)申请报告及承诺书》等。
• 受理部门将对申请材料进行形式审查及处置，并进行公示和审批。
• 审批通过后，施工总承包单位可以以保函方式缴存保证金，完成保函的办理。

综上所述，农民工工资保函的办理时间应当在工程取得施工许可证（开工报告批复）之日起20个工作日内。这一规定有明确的法律依据，并且实际办理流程也遵循了相关规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。