针对您提出的“老板的自有房租给公司怎么操作合理”的问题，这主要涉及到房屋租赁的税务、法律及操作流程等方面。虽然提供的参考信息主要聚焦于国有企业减免中小企业房屋租金的政策，但我们可以从中提炼出一些通用的原则和步骤，结合一般性的房屋租赁操作来给出建议。

一、明确租赁双方及租赁物

1. 租赁双方：明确出租方（老板个人）和承租方（公司）的身份信息，确保双方具备合法的租赁资格。
2. 租赁物：详细描述租赁房屋的具体位置、面积、结构等信息，并确认房屋为老板自有，无产权纠纷。

二、签订租赁合同

1. 合同内容：租赁合同应明确租赁期限、租金及支付方式、房屋用途、维修责任、违约责任等关键条款。
2. 合法合规：确保合同内容符合当地法律法规的要求，避免使用模糊或违法的条款。
3. 双方签字：租赁合同需由出租方和承租方双方签字或盖章，并留存备份。

三、税务处理

1. 租金收入申报：老板作为出租方，需按照税法规定申报租金收入，并缴纳相应的税费，如个人所得税、房产税等。
2. 发票开具：如果公司需要报销租金费用，老板应提供正规的租金发票。这通常要求老板在税务部门登记并申请开具发票。
3. 税务筹划：在合法合规的前提下，可以考虑进行税务筹划，以降低税务负担。例如，利用税收优惠政策、合理分摊费用等。

四、操作流程建议

1. 市场调研：在确定租金水平前，进行市场调研，了解同地段、同类型房屋的租金水平，确保租金合理。
2. 协商谈判：与承租方（公司）就租金、租赁期限等条款进行协商谈判，达成一致意见。
3. 合同签订与备案：签订租赁合同后，根据当地要求，可能需要进行合同备案或登记。
4. 租金支付与发票开具：按照合同约定收取租金，并及时开具发票给承租方。
5. 定期沟通与维护：在租赁期间，保持与承租方的定期沟通，及时处理房屋维修等问题，确保租赁关系和谐稳定。

五、注意事项

1. 避免关联交易风险：如果老板与公司存在关联关系，需确保租赁交易的价格公允、合理，避免被税务部门认定为关联交易不当而进行调整。
2. 遵守法律法规：在租赁过程中，严格遵守当地法律法规的要求，如房屋租赁管理条例、税法等。
3. 保留相关证据：妥善保管租赁合同、租金支付凭证、发票等相关证据，以备不时之需。

综上所述，老板将自有房租给公司时，应明确租赁双方及租赁物、签订合法合规的租赁合同、进行税务处理、遵循合理的操作流程，并注意避免关联交易风险、遵守法律法规和保留相关证据。希望这些建议能对您有所帮助。如有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请随时提问。