关于公务员申请取消录用是否需要支付违约金的问题，这主要取决于公务员与所在机关之间是否有因专项培训等而订立的协议，并约定了工作期限。

首先，如果公务员与所在机关因专项培训等订立了协议，并明确约定了工作期限，那么在未满这个约定的工作期限内，公务员一般是不被允许申请辞去公职的。这是为了保障机关的培训投资能够得到合理的回报，并确保工作的连续性和稳定性。

然而，如果公务员确实需要在这个期限内申请辞去公职，那么根据相关规定，他应当向所在机关支付违约金或者履行相应的义务。这个违约金的数额并不是随意确定的，而是有一定的限制。具体来说，机关要求申请辞去公职的公务员支付的违约金数额，不得超过约定工作期限尚未履行部分所应分摊的培训费用，同时这个最高数额也不得超过机关实际提供的专项培训费用。

另外，值得注意的是，除了上述因专项培训等而约定工作期限的情况外，还有一些其他情形下公务员是不被批准辞去公职的，比如未满国家规定的最低服务年限、在涉及国家秘密等特殊职位任职或者离开上述职位不满国家规定的脱密期限的、正在接受审计或者重要公务尚未处理完毕且须由本人继续处理的、正在接受纪律审查、监察调查或者涉嫌犯罪且司法程序尚未终结的，以及法律、行政法规规定的其他不得辞去公职的情形。在这些情形下，公务员申请辞去公职不仅不会被批准，而且也不涉及违约金的问题。

综上所述，公务员申请取消录用是否需要支付违约金，主要取决于是否与所在机关因专项培训等而订立了协议并约定了工作期限。如果存在这样的协议且未满约定工作期限，那么公务员在申请辞去公职时可能需要支付违约金。但违约金的数额是有限制的，不得超过约定工作期限尚未履行部分所应分摊的培训费用，且最高不得超过机关提供的专项培训费用。