结论：店铺转让时烟证审核未通过，已交的钱能否退回需视具体情况而定，主要取决于转让协议中的约定、付款的性质以及是否存在违约情形等因素。以下从不同角度进行分析：
一、转让协议中的约定
有明确退款条款：
- 如果转让协议中明确约定了烟证审核未通过时的退款责任和方式，那么双方应按照协议约定执行。例如，协议可能规定“若烟证审核未通过，转让方应在X个工作日内退还受让方已支付的全部款项”。
无明确退款条款：
- 如果转让协议中没有明确约定烟证审核未通过时的退款责任，那么双方需要协商解决。协商时，可以考虑转让协议的整体内容、交易习惯以及公平原则等因素。
二、付款的性质
定金性质：
- 如果已交的钱被明确为定金，且根据《中华人民共和国民法典》的规定，定金具有担保性质。若因转让方的原因导致烟证审核未通过，转让方应双倍返还定金；若因受让方的原因导致烟证审核未通过，则定金可能不予退还。但需注意，定金数额不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。
- 计算公式（若为定金且转让方违约）：应退还金额 = 已支付定金 × 2（但不超过主合同标的额的20%对应的金额）
预付款性质：
- 如果已交的钱被明确为预付款，且没有定金性质，那么当烟证审核未通过时，受让方有权要求转让方退还已支付的预付款。
三、违约情形
转让方违约：
- 如果转让方在转让过程中存在违约行为，如隐瞒烟证无法通过审核的重要事实、提供虚假资料等，导致烟证审核未通过，那么受让方有权要求转让方退还已支付的全部款项，并可能要求转让方承担违约责任。
受让方违约：
- 如果受让方在转让过程中存在违约行为，如未按照约定提供必要的审核资料、未按时支付款项等，导致烟证审核未通过，那么转让方可能有权拒绝退还已支付的款项，或要求受让方承担违约责任。
四、其他因素
- 协商与调解：在双方无法就退款问题达成一致时，可以尝试通过协商或调解的方式解决争议。这可以节省时间和成本，并维护双方的良好关系。
- 诉讼与仲裁：如果协商和调解均无法解决问题，双方可以考虑通过诉讼或仲裁的方式解决争议。但需注意，诉讼和仲裁程序可能较为复杂且耗时较长。
建议：
- 首先，仔细审查转让协议中的相关条款，了解双方的权利和义务。
- 其次，与转让方进行沟通协商，尝试达成退款协议。
- 如果协商无果，可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即我本人，袁满律师，专注于合同纠纷等领域），以了解更具体的法律建议和解决方案。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。