在两人共同实施同一件非法获利行为的情况下，法院确实可能对每个人分别进行罚款，这主要取决于各自在违法行为中的角色、责任大小以及具体情节等因素。具体分析如下：

1. 共同违法中的个人责任
   根据《行政处罚法》或《刑法》中关于共同违法或共同犯罪的规定，即使两人共同实施了同一违法行为，法院或行政机关也会根据各自的行为性质、主观过错程度、参与程度等因素，分别确定每个人的法律责任。例如，一人可能起主要作用（主犯），另一人起次要或辅助作用（从犯），此时对两人的处罚力度可能不同。

2. 罚款的独立性
   罚款是针对个人违法行为的处罚措施，具有独立性。即使违法行为是共同实施的，法院也会根据每个人的违法情节、获利情况、社会危害性等，分别计算罚款金额。例如，一人获利较多且情节严重，另一人获利较少且情节较轻，法院可能对前者处以更高罚款。

3. 法律程序中的分别处理
   在诉讼或行政处罚程序中，法院或行政机关会分别听取两人的陈述、申辩，审查各自的证据，并独立作出处罚决定。因此，即使两人涉及同一案件，罚款决定也可能是分别作出的。

4. 特殊情况：连带责任或按份责任
   在某些情况下，法律可能规定共同违法者需承担连带责任（如民事赔偿中的连带责任），但罚款通常不属于连带责任范畴。罚款一般是按份责任，即根据各自的责任大小分别承担。

建议：

• 如果对罚款决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，主张罚款决定事实不清、证据不足或适用法律错误。
  
• 在共同违法案件中，建议积极配合调查，提供有利于自己的证据（如未参与、未获利等），以减轻或免除责任。
  

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