在运输合同涉及多次运输且目的地不同的情况下，管辖的确定主要依据以下核心原则和具体情况来分析：

1. 协议管辖优先
   若运输合同中双方已明确约定了管辖法院（如“发生争议由甲方所在地法院管辖”），则该约定优先适用。但需注意：约定的法院必须与争议有实际联系（如合同签订地、履行地、标的物所在地等），否则可能被认定无效。

2. 无协议管辖时的法定管辖
   若合同未约定管辖，则根据《民事诉讼法》第24条，由被告住所地或合同履行地法院管辖。在多次运输中，合同履行地的确定需分情况：

   • 单次运输独立履行：若每次运输可独立视为一个合同（如分批运输、每次结算），则每次运输的履行地（如目的地、装货地）可能分别对应不同管辖法院。
     
   • 连续运输整体履行：若多次运输构成一个连续合同（如长期合作、统一结算），则合同履行地可能综合认定为主要运输目的地或合同义务集中履行地（如承运人总部所在地）。

3. 特殊运输合同的管辖规则

   • 多式联运合同：根据《民法典》第838条，若涉及两种以上运输方式，由终点阶段运输方式管辖法院管辖；若终点无法确定，则由最初阶段运输方式管辖法院管辖。
     
   • 国际运输合同：若涉及涉外因素，可能适用《民事诉讼法》第272条，由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖，同时需考虑国际条约或双边协定。

实务建议：

• 合同签订时，建议明确约定管辖法院（如“争议由承运人所在地法院管辖”），避免后续争议。
  
• 若多次运输目的地分散，可约定“以最后一次运输目的地法院管辖”或“以合同签订地法院管辖”，增强可操作性。
  
• 发生争议时，需结合运输方式、合同履行细节（如装货/卸货记录、结算方式）综合判断履行地，必要时可委托律师调取证据。

如有具体合同条款或运输细节需要分析，可直接向我提供更多信息，我会进一步为您梳理管辖逻辑。