结论：国企代持民企股份并收取代持费，在符合法律法规、国资监管规定，且代持协议有效的情况下是合法的。然而，若违反相关规定或存在不当行为，则可能面临严重的法律风险。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析
法律法规层面：
- 我国现行法律法规并未直接禁止国有企业代持民营企业股份的行为。基于“法无禁止即可为”的原则，此类代持在法律层面有一定的存在空间。因此，从法律法规的角度来看，国企代持民企股份并收取代持费，并不直接构成违法。
国资监管规定：
- 国有企业进行股权代持时，必须严格遵守国有资产监督管理的相关规定，包括审批、备案等程序，确保国有资产的安全和保值增值。代持行为应基于正当的商业目的和合理的交易安排，如满足业务合作的特殊需求，并经过国有企业内部决策程序和上级主管部门的批准。若国企在代持过程中遵循了这些规定，那么其代持行为及收取代持费的行为是合法的。
代持协议有效性：
- 国有企业与民营企业之间签订的代持协议，若满足《民法典》关于民事法律行为有效的条件（即行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定、不违背公序良俗），则该协议在双方之间具有法律效力。这意味着，如果代持协议是双方真实意思的表示，且内容合法合规，那么国企收取代持费的行为是基于有效的合同关系，是合法的。
法律风险分析
尽管国企代持民企股份并收取代持费在符合上述条件的情况下是合法的，但仍需注意以下法律风险：
违反国资监管政策：
- 若代持行为未经必要的审批和备案程序，或未按照规定对代持股份进行评估，可能导致国有资产流失的风险。相关责任人可能因此受到行政处分甚至被追究刑事责任。因此，国企在代持过程中必须严格遵守国资监管政策，确保所有程序合法合规。
利益输送风险：
- 代持行为可能被用于掩盖不正当的利益输送，如通过代持股份操纵利润分配，将国有企业的利益转移给民营企业或个人。这种行为将构成违法犯罪，不仅损害国有企业的利益，也破坏了市场经济的公平竞争环境。
代持协议无效风险：
- 如果代持协议存在违反法律、行政法规强制性规定的情形，如规避国家对特定行业的准入限制或税收监管，该协议可能被法院认定为无效。这将导致代持双方的权益无法得到法律保障，国企可能无法合法收取代持费。
管理风险和股东权利行使纠纷：
- 国有企业和民营企业在经营目标、管理理念等方面可能存在差异，代持可能带来管理上的麻烦和风险。此外，在代持关系中，实际股东的股东权利通常需要通过名义股东来行使。如果双方在股东权利行使、利润分配等方面存在分歧，可能会引发纠纷，影响国企的正常运营和代持费的收取。
综合建议
国企在代持民企股份并收取代持费时，应确保所有行为均符合法律法规和国资监管规定的要求。具体而言，国企应：
- 严格遵守国资监管政策，确保代持行为经过必要的审批和备案程序；
- 签订合法有效的代持协议，明确双方的权利和义务；
- 建立完善的管理机制和监督机制，防范潜在的法律风险和管理风险；
- 如遇具体问题或纠纷，及时向我咨询以获取准确的法律意见。
总之，国企代持民企股份并收取代持费在符合法律法规和国资监管规定的情况下是合法的，但需注意防范潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。