民企股份由国企代持的合法性需根据具体情况及法律规定综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性基础
法律法规未明确禁止：
- 我国现行法律法规并未直接禁止国有企业代持民营企业股份的行为。基于“法无禁止即可为”的原则，此类代持在法律层面有一定的存在空间。但需注意，这并不意味着所有代持行为都合法，还需结合其他因素综合判断。
国资监管规定：
- 国有企业进行股权代持时，必须严格遵守国有资产监督管理的相关规定，包括审批、备案等程序，确保国有资产的安全和保值增值。代持行为应基于正当的商业目的和合理的交易安排，如满足业务合作的特殊需求，并经过国有企业内部决策程序和上级主管部门的批准。
代持协议有效性：
- 国有企业与民营企业之间签订的代持协议，若满足《民法典》关于民事法律行为有效的条件（即行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定、不违背公序良俗），则该协议在双方之间具有法律效力。
二、合法情形
意思表示真实且合法合规：
- 国企与实际出资人（民企）之间必须存在明确、真实的代持协议，该协议应详细约定双方的权利与义务。
- 代持协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，确保协议的合法有效性。
- 代持行为不得损害国家利益、社会公共利益以及第三人的合法权益。
符合国资监管要求：
- 国企在进行股权代持时，需遵循国有资产交易和管理的相关规定，确保国有资产的安全和保值增值。
- 代持行为应经过适当的审批和备案程序，如获得国有资产监督管理部门的批准同意，并按照规定进行产权登记等相关手续。
内部决策程序完备：
- 国企在决定进行股权代持前，应按照其内部决策程序进行审议和决策，确保代持行为的合法性和合规性。
三、不合法情形
违反法律法规禁止性规定：
- 若相关法律法规明确禁止国有企业进行特定类型的股权代持，如涉及国家安全、重要公共服务等特殊行业领域的代持行为被法律严禁，则此时的代持行为是违法的。
损害国有资产权益或公共利益：
- 股权代持的安排若导致国有资产流失、损害国家利益或社会公共利益，如通过代持掩盖国有资产真实交易情况、低价转让国有股权等，这种代持行为是不被允许的。
规避监管和审批程序：
- 国有企业在进行重大资产处置、股权交易等活动时，需遵守严格的审批和监管流程。若通过股权代持故意绕过这些法定程序，逃避国资监管部门的监督，这种代持行为构成违法。例如，未经审批擅自将国有股权委托他人代持，意图隐瞒股权变动情况，即属于此类违法行为。
四、法律风险与注意事项
名义股东无权处分股权：
- 名义股东（国企）擅自转让股权属于无权处分行为，实际出资人（民企）应确保代持协议的严密性以防止此类风险。
实际出资人权利保护：
- 实际出资人在行使股东权利时可能面临诸多挑战，因此应强化代持协议的法律效力，并在必要时采取法律手段维权。
税务风险规划：
- 代持协议涉及的未来股权转让可能产生税务风险，实际出资人和名义股东应充分了解税法规定并合理规划税务事宜。
管理风险和股东权利行使纠纷：
- 国有企业和民营企业在经营目标、管理理念等方面可能存在差异，代持可能带来管理上的麻烦和风险。
- 在代持关系中，实际股东的股东权利通常需要通过名义股东来行使，如果双方在股东权利行使、利润分配等方面存在分歧，可能会引发纠纷。
综合建议：民企股份由国企代持的合法性需综合考虑多种因素，包括但不限于法律法规、国资监管规定以及代持协议的有效性。在实际操作中，建议企业在进行代持前进行充分的风险评估和合规审查，确保代持行为的合法性和合规性。同时，应建立完善的管理机制和监督机制，防范潜在的法律风险和管理风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。