结论：卷烟个体工商户的经营者经营不同的店面，一年内两次违法的，是否要从重处罚，需结合具体违法情形及法律规定来判断，若两次违法行为属于同一性质且符合从重处罚条件，则可能从重处罚；若两次违法行为性质不同或不符合从重处罚条件，则不一定从重处罚。
分析说明：
从重处罚的法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在作出行政处罚决定时，应当遵循公正、公开的原则，并根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素，依法给予相应的行政处罚。对于情节严重或者社会危害性较大的违法行为，行政机关可以依法从重处罚。
两次违法行为的性质：
- 如果两次违法行为属于同一性质，例如都是销售假冒伪劣卷烟，且均违反了烟草专卖法律法规的相关规定，那么行政机关在考虑处罚时，可能会将两次违法行为视为一个整体，根据违法行为的持续时间和危害程度，依法从重处罚。
- 如果两次违法行为性质不同，例如一次是销售假冒伪劣卷烟，另一次是未取得烟草专卖零售许可证经营卷烟业务，那么行政机关可能会分别根据各自的法律规定进行处罚，而不一定从重处罚。
从重处罚的具体情形：
- 从重处罚通常适用于违法行为情节严重、社会危害性较大或者存在多次违法等情形。如果卷烟个体工商户的经营者一年内两次违法，且每次违法行为都情节严重或者社会危害性较大，那么行政机关可能会依法从重处罚。
- 此外，如果两次违法行为之间存在关联，例如第一次违法行为未得到及时纠正，导致第二次违法行为的发生，那么行政机关在考虑处罚时，也可能会将两次违法行为视为一个整体，依法从重处罚。
法律建议：
- 对于卷烟个体工商户的经营者而言，应当严格遵守烟草专卖法律法规的相关规定，合法经营，避免违法行为的发生。
- 如果已经发生违法行为，应当积极配合行政机关的调查和处理工作，主动纠正违法行为，减轻社会危害程度，以争取从轻或者减轻处罚。
- 如果对行政机关的处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
后续行动指引：
- 如果您作为卷烟个体工商户的经营者，面临一年内两次违法的情况，建议首先了解每次违法的具体性质和情节，以及行政机关可能依据的法律规定。
- 然后，根据了解的情况，评估是否可能面临从重处罚的风险，并制定相应的应对策略。
- 最后，如果需要进一步的法律帮助或者咨询，可以直接向我提问，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。