合作公司把股权变更是否合法，这主要取决于股权变更的具体情况是否符合相关法律法规的规定。以下从几个关键角度进行分析：
股权变更的合法性基础：
- 根据《公司法》的相关规定，股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。这意味着，只要股权变更程序符合公司章程和《公司法》的规定，股权变更就是合法的。
股权变更后的公司形式：
- 如果股权变更后，公司变为只有一个股东（即一人公司），这也是合法的。我国《公司法》明确允许设立一人有限责任公司，无论是自然人独资还是法人独资形式。但需要注意的是，一人公司在运营过程中需要遵守一系列特殊的法律规定和限制，如注册资本需一次足额缴纳、每年需进行财务审计等，以保障交易安全和债权人利益。
股权变更的具体程序：
- 股权变更必须遵循一定的程序，包括但不限于：签订股权转让协议、修改公司章程、办理工商变更登记等。这些程序是确保股权变更合法性的重要环节。如果程序存在瑕疵或遗漏，可能会影响股权变更的合法性。
特殊行业的限制：
- 在某些特殊行业或领域，如金融、电信等，股权变更可能受到更严格的监管和限制。这些行业或领域的公司在进行股权变更时，除了需要遵守《公司法》的一般规定外，还需要遵守相关行业或领域的特殊规定。
法律建议：
- 在进行股权变更前，建议详细查阅公司章程和《公司法》的相关规定，确保股权变更程序合法合规。
- 如果股权变更后公司将变为一人公司，应特别注意遵守一人公司的特殊规定，如注册资本的缴纳、财务审计等。
- 如果涉及特殊行业或领域的股权变更，建议提前咨询相关监管部门或专业律师，以确保股权变更的合法性和可行性。
可能的法律后果：
- 如果股权变更程序存在瑕疵或遗漏，可能会导致股权变更无效或被撤销。
- 如果股权变更后公司未遵守一人公司的特殊规定，可能会面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
综上所述，合作公司把股权变更是否合法，取决于股权变更的具体情况是否符合相关法律法规的规定。如果您有具体的股权变更问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。