农民工工资代发违约金的合法数额并没有一个固定的统一标准，而是需根据具体情况来确定，以下分情况说明：

1. 合同有约定的情况：

   • 如果农民工与用人单位（或工资代发方）在劳动合同或相关协议中明确约定了工资代发的违约金数额或计算方式，那么该约定在合法范围内是有效的。
   • 违约金数额应当合理，不得过高或过低。如果违约金数额过高，可能被视为对农民工的过度惩罚，违反公平原则；如果过低，则可能无法起到约束作用。一般来说，违约金的数额应与因违约造成的实际损失相当。
   • 需要注意的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定的违约金，只有在涉及服务期和竞业限制两种情形下才被允许。对于工资代发违约，如果合同中的违约金条款不属于这两种情形，且没有其他法律依据，那么该条款可能被视为无效。但在实践中，如果工资代发违约确实给用人单位造成了损失，用人单位仍可能依据《中华人民共和国民法典》中关于违约责任的规定，要求农民工承担赔偿责任。

2. 合同无约定的情况：

   • 如果劳动合同或相关协议中没有约定工资代发的违约金数额或计算方式，那么用人单位不能随意要求农民工支付违约金。
   • 在这种情况下，如果农民工确实存在违约行为，并给用人单位造成了损失，用人单位可以依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求农民工承担赔偿责任。赔偿的数额应与因违约造成的实际损失相当，包括直接损失和间接损失。

3. 特殊情况下的违约金调整：

   • 如果约定的违约金数额过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构进行调整。人民法院或仲裁机构会根据违约方的过错程度、违约造成的实际损失等因素，综合判断并作出合理的裁决。

建议：

• 对于农民工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资代发和违约金的约定。如果合同中存在不合理的违约金条款，应及时与用人单位协商修改或拒绝签订。
• 对于用人单位而言，应合理设置违约金条款，避免过高或过低的违约金数额。同时，在发生工资代发违约时，应依法维护自己的权益，通过合法途径要求农民工承担赔偿责任。