旅行社通过微信收款但不开发票的行为，属于违法行为。具体分析如下：

1. 从税务合规角度
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，在收取款项时应当向付款方开具发票。旅行社作为经营主体，无论通过现金、微信转账还是其他方式收款，只要涉及经营性收入，均负有开具发票的法定义务。若未开具，可能面临税务机关责令改正、罚款（最高1万元）等处罚（《发票管理办法》第三十五条）。

2. 从消费者权益保护角度
   根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十二条，经营者提供商品或服务后，应按国家规定或交易习惯向消费者出具发票等购货凭证。若旅行社拒绝开具发票，消费者有权向税务部门举报（12366热线），并可主张自身合法权益（如要求旅行社补开发票或承担违约责任）。

3. 潜在法律风险延伸

• 税务稽查风险：若旅行社长期隐匿收入不开发票，可能被税务机关认定为偷税行为，需补缴税款、滞纳金，并面临偷税金额0.5倍至5倍的罚款（《税收征收管理法》第六十三条）。
  
• 合同履行风险：若双方未明确约定发票开具条款，消费者可能以“未履行附随义务”为由，要求旅行社承担违约责任（如赔偿因无法报销导致的损失）。
  

建议：

• 对消费者：保留微信转账记录、聊天记录等证据，及时向旅行社索要发票；若遭拒，可向当地税务机关举报或通过法律途径维权。
  
• 对旅行社：应严格遵守发票管理规定，避免因小失大；若存在特殊情况（如系统故障），需与消费者协商补开或提供其他合法凭证。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或法律风险防范措施。