结论：农村自建房承重墙不属于自家但又和自家房子一体的情况是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及房屋结构安全、土地使用权以及相邻关系等多个方面。以下从不同角度进行分析：

一、房屋结构安全角度

1. 承重墙的作用：承重墙是建筑物中承受和传递上部结构荷载的墙体，对于房屋的整体结构安全至关重要。如果承重墙不属于自家，但又是自家房屋结构的一部分，那么其安全性直接影响到自家房屋的安全。

2. 合法性判断：

   • 若承重墙为共有：如果承重墙是与其他邻居共有的，那么在使用和改造时需要得到共有人的同意，否则可能构成侵权。
   • 若承重墙为他人所有：如果承重墙完全属于他人所有，但自家房屋在建造时未经允许就将其纳入自家房屋结构中，这可能构成对他人财产权的侵犯，是不合法的。

二、土地使用权角度

1. 宅基地使用权：农村自建房通常建在宅基地上，宅基地使用权是农民的一项重要权利。如果承重墙所在的土地不属于自家宅基地范围，那么在该土地上建造或使用承重墙可能涉及土地使用权的问题。

2. 合法性判断：

   • 若超出宅基地范围：如果承重墙超出了自家宅基地的范围，那么这部分结构可能属于违法建筑，需要拆除或进行合法化处理。
   • 若未超出但涉及他人土地：即使承重墙未超出自家宅基地范围，但如果其建造或使用涉及到了他人土地的使用权，也需要得到他人的同意或进行相应的补偿。

三、相邻关系角度

1. 相邻关系原则：在处理相邻关系时，应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则。如果承重墙的使用或改造影响到了相邻方的利益，那么需要得到相邻方的同意或进行相应的补偿。

2. 合法性判断：

   • 若影响相邻方：如果承重墙的使用或改造对相邻方的房屋安全、通风、采光等造成了影响，那么需要与相邻方进行协商，达成一致意见后才能进行。
   • 若未影响相邻方：如果承重墙的使用或改造未对相邻方造成任何影响，那么从相邻关系的角度来看，可能是合法的。但即便如此，也需要确保不侵犯他人的土地使用权和财产权。

建议与措施

1. 核查土地使用权和房屋结构：首先，需要核查自家宅基地的使用权范围以及房屋的结构图纸，明确承重墙的位置和归属。

2. 与相邻方协商：如果承重墙涉及到了相邻方的利益或土地使用权，那么需要与相邻方进行协商，达成一致意见后才能进行使用或改造。

3. 寻求法律帮助：如果无法与相邻方达成一致意见，或者对承重墙的合法性存在疑问，可以寻求专业的法律帮助，通过法律途径解决纠纷。

总结来说，农村自建房承重墙不属于自家但又和自家房子一体的情况是否合法，需根据房屋结构安全、土地使用权以及相邻关系等多个方面进行综合判断。在处理此类问题时，建议先核查相关事实和证据，再与相邻方进行协商，必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。