农村自建房两套合在一起是否合法，需要综合考虑多个因素：

1. 政策允许与规划合规：

   • 首先，要确认当地政策是否允许两户合建房屋。不同地区因规划或土地管理需要，对合建有特定规定。若政策明确禁止，则任何形式的合建行为均不合法。
   • 合建行为还需符合当地的土地利用总体规划和村庄规划，确保建设活动在规划框架内进行。

2. 用地审批与宅基地使用权：

   • 两户合建必须依法办理相关的用地审批手续，获得合法的宅基地使用权。这是合建行为在土地层面的基本要求。
   • 若其中一户已拥有一处宅基地，再参与合建可能违反“一户一宅”政策，除非存在合法的例外情形，如因继承等原因合法拥有多处宅基地。

3. 权属约定清晰：

   • 双方应签订详细的书面协议，明确产权归属、使用方式、利益分配及可能的问题解决方案。这是避免日后产生纠纷的关键。协议中应明确双方各自的产权份额，包括在房屋建成后各自拥有多少产权；要明确建房费用的承担方式，谁来承担多少费用；还要明确房屋的使用方式以及管理办法等相关事项。

4. 遵守建设规定：

   • 合建房屋需严格遵守相关规定，如建筑面积限制、高度限制等。违反这些规定可能导致房屋被认定为违建，面临拆除等风险。

5. 确保土地权属清晰：

   • 合建涉及土地使用权，双方必须确保对土地拥有共同的使用权，且该权属无争议。土地权属不清晰是合建不合法的常见原因之一。

若满足以上条件，两套农村自建房合在一起在法律上是可行的。但为确保合建的合法性和安全性，建议在合建前充分了解相关政策法规，并咨询专业律师（如我）的意见，以制定详细的合建计划和协议。

若不满足条件，可能会面临以下法律后果：

• 产权纠纷：由于手续不齐全或权属约定不清晰，可能导致双方在产权归属上产生争议。
• 违建风险：若违反建设规定，房屋可能被认定为违建，面临拆除等风险。
• 法律责任：若因合建行为导致他人损害或违反法律法规，双方可能需承担相应的法律责任。

因此，在决定两套农村自建房合在一起之前，请务必谨慎考虑并咨询专业律师（如我）的意见。