结论：在农村，一个户主拥有两套宅基地上的房屋是否合法，需根据具体情况及法律规定综合判断。一般情况下，应遵循“一户一宅”原则，但在特定条件下，如符合分户条件、继承所得、合法购买同村房屋或总面积未超标且经批准等，可以合法拥有两套宅基地上的房屋。

详细分析：

1. 符合分户条件且经合法审批：

   • 情况说明：如果家庭成员较多，且符合当地规定的分户条件（如子女成年且有独立生活能力等），但尚未进行分户操作，而原有的宅基地面积无法满足家庭居住需求，那么经过相关部门的批准，可以额外申请一处宅基地并建造房屋。这种情况下，虽然户籍上仍为一个户主，但实际上因家庭实际情况而合理拥有了两处房屋。
   • 法律依据：宅基地的分配和使用需遵循当地土地管理法规和政策，符合分户条件并经合法审批是获得额外宅基地的合法途径。

2. 通过合法继承获得：

   • 情况说明：当被继承人（如父母）拥有一处合法的农村房屋，且该房屋所在的宅基地符合相关规定时，继承人可以依法继承该房屋及其所占宅基地的使用权。即使继承人本身已有一处属于自己的宅基地房屋，通过继承方式也能够合法拥有第二处房屋。但需注意，继承得来的房屋在宅基地流转等方面可能存在一定限制。
   • 法律依据：宅基地所有权归村集体，但宅基地上的房屋属村民个人财产，可依法继承。继承后，继承人即获得该房屋所在宅基地的使用权。

3. 合法购买同村房屋：

   • 情况说明：在同一集体经济组织内，如果其他成员合法转让其房屋，并且受让方符合申请宅基地的条件，那么经过集体经济组织的同意，并办理相关的宅基地变更登记手续后，受让方（即同一个户主）可以同时拥有两处房屋。
   • 法律依据：宅基地的流转需遵循当地土地管理法规和政策，确保流转合法合规，不违反相关法律法规。

4. 总面积未超标且经批准或确权：

   • 情况说明：即使因特殊原因拥有多处宅基地，其总面积也不得超过当地规定的标准。如果总面积未超标，并且得到了相关部门的批准或确权登记，那么可以视为合法拥有。
   • 法律依据：宅基地的使用需遵循当地土地管理法规和政策，确保总面积不超标，并经过合法审批或确权登记。

不合法情况及处理建议：

• 未经批准私自占用：擅自占用村集体土地建造住宅，未履行任何合法审批程序，属于非法占地，不受法律保护。建议主动与村集体协商，退回宅基地或寻求合法途径解决。
• 不符合分户条件却分户获得：为获取更多宅基地，采取虚假材料等手段进行分户，属于不正当手段。建议遵守法律法规，通过合法途径申请宅基地。

总结与建议：

农村一个户主是否能拥有两套宅基地上的房屋，需根据当地的具体法规、政策以及实际情况来判断。如果你有相关需求或疑问，建议首先咨询当地的村委会或相关政府部门，以获取准确的信息和指导。同时，在涉及宅基地和房屋的任何交易或申请时，都应确保遵守相关法律法规和政策规定，以免产生不必要的法律纠纷和风险。如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。