结论：针对您提出的“原告伪造协议提交法庭，三年后被告才知道还立了案，怎么才能另案起诉揭穿原告伪造”的问题，您可以通过提起民事诉讼中的侵权之诉或刑事自诉（如构成犯罪）来揭穿原告的伪造行为，并寻求相应的法律救济。以下是从不同角度的详细分析：
一、民事诉讼角度
提起侵权之诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果原告伪造协议的行为侵犯了您的合法权益（如名誉权、财产权等），您有权提起侵权之诉，要求原告承担侵权责任。
- 诉讼准备：您需要收集证据证明原告伪造了协议，并且该伪造行为给您造成了实际损害。证据可以包括但不限于：原始协议（如有）、伪造协议的复印件或原件、鉴定意见（如笔迹鉴定、文件形成时间鉴定等）、证人证言等。
- 诉讼过程：在提起诉讼后，法院将依法进行审理，并根据证据情况作出判决。如果法院认定原告确实存在伪造协议的行为，并且该行为给您造成了损害，那么原告可能需要承担赔偿损失、赔礼道歉等民事责任。
申请再审或抗诉：
- 法律依据：如果您认为原判决、裁定存在错误（如基于伪造协议作出），您可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，向法院申请再审或向检察院申请抗诉。
- 申请条件：您需要提供充分的证据证明原判决、裁定存在错误，并且该错误是由于原告伪造协议等违法行为导致的。
- 申请过程：申请再审或抗诉需要遵循一定的法律程序，包括提交申请书、提供证据材料等。法院或检察院将依法进行审查，并决定是否启动再审或抗诉程序。
二、刑事诉讼角度
提起刑事自诉：
- 法律依据：如果原告伪造协议的行为构成犯罪（如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等），您可以根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，向法院提起刑事自诉。
- 诉讼准备：与民事诉讼类似，您需要收集证据证明原告存在伪造协议等犯罪行为。证据可以包括但不限于：伪造协议的原件或复印件、鉴定意见、证人证言等。
- 诉讼过程：在提起刑事自诉后，法院将依法进行审理，并根据证据情况作出判决。如果法院认定原告确实存在犯罪行为，那么原告可能需要承担刑事责任，如有期徒刑、罚金等。
报案并配合公安机关侦查：
- 法律依据：如果您认为原告伪造协议的行为涉嫌犯罪，但您无法直接提起刑事自诉（如因为犯罪情节轻微等），您可以向公安机关报案，并配合公安机关进行侦查。
- 报案过程：您需要向公安机关提供线索和证据，说明原告伪造协议的情况。公安机关将依法进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案侦查。
- 配合侦查：在公安机关侦查过程中，您需要积极配合公安机关的工作，提供必要的协助和支持。如果公安机关认为原告确实存在犯罪行为，那么将依法将其移送检察机关审查起诉。
三、其他建议
- 及时咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议您及时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和法律法规，为您提供针对性的法律建议和帮助。
- 保留相关证据：无论您选择哪种法律途径来揭穿原告的伪造行为，都需要保留好相关证据。证据是证明案件事实的关键依据，也是您维护自己合法权益的重要武器。
- 关注诉讼时效：在提起诉讼或申请再审、抗诉时，您需要关注诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，不同的法律请求有不同的诉讼时效限制。因此，您需要在规定的时效内提起诉讼或申请再审、抗诉。
最后，针对您提出的问题，我建议您首先评估自己手中的证据情况，并咨询专业律师的意见。根据律师的建议和您的具体情况，选择合适的法律途径来揭穿原告的伪造行为，并维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。