经济补偿金超出上限的计算，主要依据的是用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，而非直接依据工作地或社保地。以下是对此问题的详细分析：
一、经济补偿金计算的基本原则
经济补偿金的计算，主要依据劳动者在本单位的工作年限和解除劳动合同前十二个月的平均工资来确定。具体规定如下：
月工资高于上限情况：如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的计算基数按职工月平均工资三倍的数额确定。这意味着，即使劳动者的实际月工资更高，经济补偿金的计算也不会超过这个上限。
月工资低于下限情况：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的，经济补偿金的计算基数则按照当地最低工资标准来计算。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
二、经济补偿金计算年限的规定
经济补偿金的计算年限根据劳动者在本单位的工作年限来确定，具体如下：
满一年情况：每满一年，用人单位需要向劳动者支付一个月工资的经济补偿金。
六个月以上不满一年情况：如果劳动者的工作年限在六个月以上但不满一年，那么按一年来计算，即支付一个月工资的经济补偿金。
不满六个月情况：如果劳动者的工作年限不满六个月，那么用人单位需要向劳动者支付半个月工资的经济补偿金。
最高年限限制：如果劳动者的月工资高于职工月平均工资三倍，那么向其支付经济补偿金的年限最高不超过十二年。这是为了防止经济补偿金过高，给用人单位带来过重的负担。
三、跨地区工作的特殊情况处理
在涉及到跨地区工作、社保缴纳地与实际工作地不一致等复杂情况时，经济补偿金的计算可能需要考虑以下因素：
优先考虑工作地：工作地往往是劳动者实际提供劳动并产生劳动价值的地方。如果能明确工作地且工作地的相关经济数据（如社平工资等）更能准确反映劳动者劳动报酬相关情况，会优先参考工作地标准来确定经济补偿金。但需要注意的是，这并不意味着直接依据工作地的社平工资来计算经济补偿金，而是作为参考因素之一。
社保缴纳地的考量：当工作地不明确，或者社保缴纳地与劳动者的收入、劳动环境等有密切联系时（例如企业基于特殊原因在特定地区缴纳社保，且该地区的经济数据与劳动者收入关联度高），也可能会参考社保缴纳地的相关标准（如当地社平工资等）来辅助确定经济补偿金计算中的一些参数。但同样，这并不意味着直接依据社保缴纳地的社平工资来计算经济补偿金。
四、具体计算公式（以月工资高于上限为例）
假设用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资为\(M\)，劳动者的月工资为\(W\)，且\(W > 3M\)，劳动者在本单位的工作年限为\(N\)年（\(N \leq 12\)，因为最高年限限制为12年）。
那么，经济补偿金的计算公式为：
\(经济补偿金 = 3M \times N\)
如果劳动者的工作年限不满一年但超过六个月，则按一年计算；如果工作年限不满六个月，则按半个月计算。
总结来说，经济补偿金超出上限的计算，主要依据的是用人单位所在地区的社平工资三倍作为上限，并结合劳动者在本单位的工作年限来确定。在跨地区工作等复杂情况下，会综合考虑工作地和社保缴纳地的相关因素，但最终的计算仍需遵循上述基本原则。如有更多疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。