要证明自己在工厂的股份来源，尤其是在工厂已拆迁多年的情况下，可通过以下几种方式收集和整理证据来证明：
书面文件证据：
- 股权证书或出资证明：这是最直接且有力的证据，能够明确显示您在工厂的持股比例和出资情况。
- 公司章程或股东名册：公司章程中通常会记载股东的姓名、出资方式、出资额等信息，而股东名册则是公司正式认可的股东名单，两者均可作为证明股份来源的依据。
- 出资协议或入股协议：如果您是通过与工厂或其他股东签订出资协议或入股协议的方式获得股份的，那么这些协议也是证明股份来源的重要文件。
- 银行转账记录：如果您是通过银行转账的方式出资的，那么相关的转账记录也可以作为出资的证明。
证人证言：
- 其他股东或工厂管理人员的证言：他们可以证明您确实拥有工厂的股份，以及股份的来源和出资情况。
- 知情人士的证言：如工厂的老员工、合作伙伴等，他们可能了解您入股的情况，并能提供相关证言。
其他辅助证据：
- 工厂的历史财务记录：如审计报告、财务报表等，这些记录中可能包含有关您出资和持股的信息。
- 政府相关部门的登记信息：如工商行政管理部门的企业登记信息，可能包含股东的出资情况和持股比例。
- 拆迁补偿协议或相关文件：如果拆迁补偿协议中明确提到了您的股份或出资情况，那么这些文件也可以作为证明股份来源的依据。
在收集证据时，需要注意以下几点：
- 确保证据的真实性和合法性：所有提供的证据都必须是真实、合法且有效的，不能伪造或篡改证据。
- 尽可能收集全面的证据：为了更全面地证明您的股份来源，应尽可能收集多种类型的证据，形成完整的证据链。
- 咨询专业律师：在收集证据和准备证明材料的过程中，如果遇到任何法律问题或困惑，应及时向我咨询，以确保您的权益得到充分保障。