结论：违约金未按照合同约定计算，结算行为是否有效需分情况讨论，主要取决于双方是否达成新的合意以及结算行为是否符合法律规定。

分析：

1. 双方达成新的合意：

   • 如果在结算过程中，双方就违约金的计算方式进行了重新协商，并达成了新的合意，那么这种结算行为是有效的。因为合同是双方意思表示一致的产物，当双方对原合同中的违约金条款进行变更并达成一致时，新的约定即成为双方之间的新合同，对双方具有约束力。
   • 例子：假设原合同中约定违约金为合同总金额的10%，但在实际履行过程中，由于一方违约，双方在结算时协商将违约金降低为合同总金额的5%，并签订了书面协议。这种情况下，结算行为是有效的，因为双方已经就违约金的计算方式达成了新的合意。

2. 单方擅自改变违约金计算方式：

   • 如果一方在结算时擅自改变了合同中约定的违约金计算方式，而另一方并未同意，那么这种结算行为可能是无效的。因为单方擅自改变合同条款，违反了合同法的自愿、公平、诚实信用等原则，也损害了另一方的合法权益。
   • 法律后果：在这种情况下，受损方有权要求按照原合同约定的违约金计算方式进行结算，并可能要求违约方承担因此造成的损失。
   • 例子：假设原合同中明确约定违约金为合同总金额的10%，但在结算时，一方未经另一方同意，擅自将违约金降低为合同总金额的1%。这种情况下，另一方有权拒绝这种结算方式，并要求按照原合同约定进行结算。

3. 结算行为符合法律规定：

   • 除了双方是否达成新的合意外，结算行为本身也必须符合法律规定。例如，结算行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家、集体或第三人的利益等。
   • 特殊情况：如果合同中约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。在这种情况下，即使双方在结算时未就违约金计算方式进行协商，但如果一方提出了调整违约金的请求，并且人民法院或仲裁机构认为该请求合理，那么结算行为可能会受到相应的影响。

建议：

• 在进行结算时，双方应仔细审查合同中的违约金条款，确保结算行为符合合同约定和法律规定。
• 如果双方对违约金的计算方式存在争议，应及时进行协商，并尽量达成书面协议，以避免后续纠纷。
• 如果一方擅自改变违约金计算方式，另一方应及时提出异议，并保留相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。

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