健康证不合格公司不一定会直接辞退员工，这取决于健康证与工作岗位的关联性、员工的就业状态以及公司辞退员工的法律依据和程序是否合规。以下是对此问题的详细分析：

一、试用期员工

1. 情形描述：若岗位对健康状况有明确要求（如食品行业），且公司在招聘时已明确告知员工需持有健康证，员工在试用期内未能取得健康证，则可能被视为不符合录用条件。
2. 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者在试用期间被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
3. 操作建议：公司应确保有充分证据证明已明确告知员工健康证要求，如招聘广告、入职须知等书面材料，以便在需要时提供证明。

二、正式员工

1. 情形描述：对于正式员工，若因个人原因无法取得健康证而岗位又确实需要健康证，公司应首先尝试调整岗位，以适应员工的健康状况。
2. 法律依据：若无法调整岗位，公司可根据《劳动合同法》第四十条第一项，以员工不胜任工作为由解除劳动合同。但在此情况下，公司需提前通知员工，并支付经济补偿。
3. 经济补偿标准：经济补偿根据员工在单位的工作年限和离职前十二个月的平均工资来确定，具体为每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

三、非特定行业员工

1. 情形描述：对于非特定行业的员工，即岗位不要求健康证的情况，公司以健康证不合格为由辞退员工可能构成违法解雇。
2. 法律分析：在此情况下，公司需证明员工的健康状况已严重影响到工作职责履行，且无法通过调整岗位或其他方式解决。若无法证明，则可能构成违法解雇。
3. 法律后果：若构成违法解雇，员工可以要求继续履行劳动合同或要求公司支付赔偿金，赔偿金为经济补偿标准的二倍。

四、注意事项

1. 合法合规：公司在处理此类问题时，应严格遵循相关法律法规，确保决策过程的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。
2. 明确告知：公司应在员工入职前明确告知其岗位所需的健康证要求，以便员工有充分时间准备和了解相关情况。
3. 沟通协商：在处理员工健康证不合格的问题时，公司应积极与员工沟通协商，寻求合理的解决方案，如调整岗位、提供医疗支持等。

总结来说，健康证不合格并不意味着公司一定会辞退员工。公司应根据具体情况，结合相关法律法规和实际情况做出合理决策，并确保决策过程的合法性和合规性。如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。