结论：被执行人有多个执行案件，个别案件已清偿完毕的，可以逐个申请撤销，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与依据
《民事诉讼法》相关规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百六十四条：“有下列情形之一的，人民法院裁定终结执行：……（三）作为被执行人的公民死亡，无遗产可供执行，又无义务承担人的；（四）追索赡养费、扶养费、抚养费案件的权利人死亡的；（五）作为被执行人的公民因生活困难无力偿还借款，无收入来源，又丧失劳动能力的；（六）人民法院认为应当终结执行的其他情形。”
虽然该条款未直接提及“个别案件清偿后撤销”，但实践中，若某执行案件已因被执行人履行完毕而实际终结，可视为符合“终结执行”的实质条件。
《最高人民法院关于执行案件立案、结案若干问题的意见》
该意见第十五条规定：“生效法律文书确定的执行内容，经被执行人自动履行、人民法院强制执行，已全部执行完毕，或者是当事人达成执行和解协议，且执行和解协议履行完毕，可以以‘执行完毕’方式结案。”
若某案件已满足“执行完毕”条件，法院应依法结案并撤销该案件的执行程序。
二、操作流程与注意事项
申请撤销的条件
- 案件已实际清偿：需提供证据证明该案件的执行标的（如欠款、罚金等）已全部履行完毕，例如转账记录、收据、和解协议等。
- 法院确认：需向执行法院提交书面申请，由法院审查后裁定是否撤销。若法院认为证据不足或存在争议，可能要求补充材料或举行听证。
申请撤销的流程
- 提交申请：向执行法院提交《撤销执行案件申请书》，并附相关证据材料。
- 法院审查：法院会在收到申请后进行审查，必要时可能通知双方当事人到庭核实。
- 裁定结果：若法院认为符合撤销条件，会出具《执行裁定书》终结该案件的执行；若不符合，会驳回申请并说明理由。
注意事项
- 及时申请：若案件已清偿但未及时申请撤销，可能影响被执行人的信用记录或产生其他不必要的法律后果。
- 保留证据：务必妥善保存清偿证明，以备法院审查或后续争议时使用。
- 多案件协调：若被执行人同时涉及多个执行案件，需分别向各执行法院申请撤销，不可因部分案件撤销而忽视其他案件。
三、可能遇到的法律后果
- 成功撤销：若申请被法院裁定撤销，该案件的执行程序将彻底终结，被执行人不再承担该案件的履行义务。
- 申请被驳回：若法院认为案件未实际清偿或存在其他障碍（如其他债权人提出异议），可能驳回申请。此时，被执行人需继续履行义务或通过其他法律途径解决争议。
- 信用影响：即使案件已撤销，若被执行人此前因未履行义务被列入失信被执行人名单，需另行申请解除信用惩戒措施。
四、建议与总结
建议
- 若您作为被执行人，已清偿个别执行案件，建议尽快向执行法院申请撤销，以避免不必要的法律风险。
- 在申请过程中，务必提供充分、真实的证据，并积极配合法院的审查工作。
- 若对流程或证据要求不熟悉，可委托专业律师协助处理，以提高申请成功率。
总结
被执行人有多个执行案件时，个别案件已清偿的，可以逐个申请撤销，但需满足法定条件并遵循法院程序。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步帮助，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业法律建议。