结论：父亲犯过罪但档案里查出来没有犯过，这种情况可能由多种原因导致，包括但不限于档案记录错误、犯罪记录未被录入、犯罪记录被封存或注销、查询方式或范围有误等。以下是对这些可能原因的详细分析：
档案记录错误：
- 档案记录在录入、整理或保存过程中可能出现错误，导致原本存在的犯罪记录被遗漏或错误地标记为无犯罪记录。
- 这种情况下，可以通过向相关档案管理部门提出异议，并提供相关证据（如法院判决书、公安机关的处罚决定书等）来申请更正档案记录。
犯罪记录未被录入：
- 在某些情况下，由于信息传递不畅、系统故障或人为疏忽等原因，犯罪记录可能未被及时录入到档案系统中。
- 如果怀疑存在这种情况，可以向当地公安机关或法院查询，以确认犯罪记录是否确实存在但未被录入。
犯罪记录被封存或注销：
- 根据相关法律法规，某些犯罪记录在一定条件下可以被封存或注销。例如，未成年人犯罪记录在符合一定条件时可以被封存；某些轻微犯罪在经过一定期限后，如果犯罪人没有再次犯罪，其犯罪记录也可以被注销。
- 如果父亲的犯罪记录符合封存或注销的条件，并且已经经过了相应的程序，那么档案中可能就不会显示该犯罪记录。
查询方式或范围有误：
- 在查询犯罪记录时，如果查询方式不正确或查询范围有限制，也可能导致无法查询到真实的犯罪记录。
- 例如，如果仅通过某个特定的系统或渠道进行查询，而该系统或渠道并未包含所有相关的犯罪记录信息，那么就可能出现查询结果不准确的情况。
- 因此，在查询犯罪记录时，应确保使用正确的查询方式和范围，并尽可能通过多个渠道进行验证。
建议与行动：
- 如果对档案中的记录有疑问，建议首先向相关档案管理部门咨询，了解档案记录的具体情况和更正流程。
- 如果怀疑犯罪记录未被录入或存在其他异常情况，可以向当地公安机关或法院查询，以获取更准确的信息。
- 在处理此类问题时，建议保持冷静和理性，避免因为情绪激动而做出错误的决策或行为。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律法规，犯罪记录的管理和查询都有严格的规定和程序。
- 在处理犯罪记录相关的问题时，应遵守相关法律法规的规定，确保自己的权益得到保障。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。