船舶在内河非通航水域航行是否违法，这并非一个绝对的是非问题，而是需要根据具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 非通航水域的定义与性质：

   • 非通航水域通常指的是那些由于自然条件（如水深不足、水流湍急、存在障碍物等）或人为因素（如桥梁、水坝、码头等建设）而不适合船舶航行的水域。
   • 如果某水域被明确划定为非通航水域，并且这一划定是基于合理的安全考虑和航行条件评估，那么船舶在该水域航行就可能构成违法，因为这违反了航行安全的规定。

2. 相关法律法规的适用：

   • 根据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等相关法律法规，船舶在内河航行时必须遵守航行规则，确保航行安全。
   • 如果非通航水域的划定有明确的法律依据，并且船舶在该水域航行违反了相关法律法规或航行规则，那么这种行为就是违法的。

3. 特殊情况下的航行许可：

   • 在某些特殊情况下，如科研、救援、工程作业等，船舶可能需要在非通航水域进行航行。这种情况下，通常需要获得相关部门的特别许可或批准。
   • 如果船舶获得了合法的航行许可，并且按照许可的条件和要求进行航行，那么这种行为就是合法的。

4. 法律后果与责任：

   • 如果船舶在内河非通航水域违法航行，可能会面临行政处罚，如罚款、吊销航行许可证等。
   • 在严重情况下，如果违法航行导致了事故或损失，船舶所有人或经营人还可能承担民事赔偿责任，甚至可能面临刑事责任。

给你的建议：

• 在航行前，务必了解并遵守相关法律法规和航行规则，特别是关于非通航水域的划定和航行限制。
• 如果需要在非通航水域进行航行，应提前向相关部门申请特别许可或批准，并确保按照许可的条件和要求进行航行。
• 如果对非通航水域的划定或航行规则有疑问，建议咨询当地的海事管理部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他关于交通运输领域的法律问题，都可以直接向我咨询。