内河船舶运输合同纠纷适用于《合同法》的相关规定。

具体来说，根据最高人民法院的指导意见和审判业务意见，国内水路货物运输，包括沿海和内河水路货物运输纠纷，应当适用《合同法》等法律的有关规定。同时，虽然可以参照《国内水路货物运输规则》的有关规定，但《海商法》第四章海上货物运输合同的规定不适用于国内水路货物运输。在审判实践中，多数法院在审理此类纠纷时，也会适用《合同法》的相关规定，并按照合同相对性的基本原则，准确识别托运人和承运人。

因此，在内河船舶运输合同纠纷中，当事人应当首先依据《合同法》的相关规定来维护自己的权益。如果合同中有特别约定，如约定适用《国内水路货物运输规则》等，那么也可以按照约定来处理纠纷。但需要注意的是，《国内水路货物运输规则》为部门规章，并不属于可以直接适用的法律依据，不宜在裁判文书中直接引用，但可以在判决书中参照适用其规定进行引用和论述。