在申请工伤认定时，CT报告本身并不能直接替代医疗诊断证明，但可以作为辅助检查材料的一部分来支持工伤认定申请。

首先，我们需要明确工伤认定申请所需的基本材料，这通常包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、身份证复印件、工伤事故调查报告、旁证材料，以及关键的医疗诊断证明或者职业病诊断证明书。医疗诊断证明是医生根据患者的病情和检查结果，出具的关于患者伤害程度、性质及与工作关系等方面的专业判断，它是工伤认定中不可或缺的一部分。

CT报告，作为医学影像检查的一种结果，它提供了关于患者身体内部结构的详细信息，有助于医生了解患者的伤情。然而，CT报告本身并不包含医生对患者伤情的全面评估和诊断，它只是诊断过程中的一个参考依据。因此，在申请工伤认定时，仅有CT报告是不够的，还需要医生根据CT报告及其他检查结果，出具正式的医疗诊断证明。

当然，如果CT报告作为辅助检查材料，与其他医疗文件（如病历、医生诊断意见等）一起提交，那么它们可以共同构成支持工伤认定申请的有力证据。在这种情况下，CT报告能够提供关于伤情的详细信息，有助于社会保险行政部门更全面地了解事故情况，从而做出更准确的工伤认定决定。

总结来说，虽然CT报告不能直接替代医疗诊断证明，但它在工伤认定申请中可以作为辅助检查材料，与其他医疗文件一起提交，以支持工伤认定的申请。因此，在准备工伤认定申请材料时，请确保包括完整的医疗诊断证明以及相关的辅助检查材料，如CT报告等。