两地发工资确实存在一些风险，这些风险主要涉及税务、劳动法律以及公司管理等多个方面。以下是对这些风险的详细分析：
税务风险：
- 个人所得税申报问题：根据税法规定，个人所得应当按照实际收入来源地申报纳税。如果员工在两地都有收入，且两地公司都为其申报了个人所得税，可能会导致重复纳税或税务申报混乱。这不仅可能增加员工的税务负担，还可能引发税务机关的审查和处罚。
- 企业税务合规风险：对于发放工资的企业而言，如果未按照税法规定正确申报和缴纳税款，也可能面临税务合规风险，包括罚款、滞纳金等。
劳动法律风险：
- 劳动合同与社保缴纳问题：根据劳动法规定，员工应当与用人单位签订劳动合同，并由用人单位为其缴纳社会保险。如果员工在两地都有工作，但只与其中一方签订了劳动合同并缴纳了社保，那么另一方可能面临未依法签订劳动合同和未缴纳社保的法律风险。
- 工资支付与加班费问题：两地发工资还可能涉及工资支付标准、加班费计算等劳动法律问题。如果两地公司的工资支付标准或加班费计算方式不一致，可能引发劳动纠纷。
公司管理风险：
- 内部管理混乱：两地发工资可能导致公司内部管理混乱，如工资发放记录不清晰、员工信息不一致等。这不仅可能影响公司的财务管理效率，还可能引发内部矛盾和纠纷。
- 合规风险：如果公司未按照相关法律法规和内部规章制度正确处理两地发工资的问题，可能面临合规风险，包括被监管部门处罚、影响公司声誉等。
针对这些风险，我给出以下建议：
- 对于员工而言：应当了解并遵守税法规定，确保个人所得税的正确申报和缴纳。同时，应当与用人单位明确劳动合同和社保缴纳情况，避免产生劳动法律纠纷。
- 对于公司而言：应当建立健全的工资管理制度和税务合规制度，确保工资发放的准确性和合规性。同时，应当加强与员工的沟通，明确工资支付标准、加班费计算方式等关键信息，避免产生内部矛盾和纠纷。
如果在实际操作中遇到具体问题或困惑，比如如何具体申报个人所得税、如何签订劳动合同和缴纳社保等，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，给出更详细、更专业的法律建议。