实际控制人与股东之间的协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是具有法律效力的。以下从多个角度进行详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 意思表示真实：协议双方必须基于真实的意思表示签订协议，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议有效的基本前提。
2. 内容合法合规：协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、社会公共利益。例如，协议中不得约定非法转移公司资产、逃避税收等违法内容。
3. 形式要件：虽然大多数协议并不要求特定的形式，但某些特定类型的协议（如涉及不动产转让的协议）可能需要满足特定的形式要件（如书面形式、公证等）才能生效。不过，在一般意义上，实际控制人与股东之间的协议，只要双方达成合意，通常并不需要特定的形式要件。

二、协议可能无效的情形

1. 违反法律法规强制性规定：如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法行为，那么该协议将被认定为无效。
2. 恶意串通损害他人利益：如果协议双方恶意串通，损害公司、其他股东或债权人的利益，那么该协议也将被认定为无效。
3. 以合法形式掩盖非法目的：如果协议双方以看似合法的形式掩盖非法目的，如通过协议转移资产以逃避债务，那么该协议同样将被认定为无效。

三、实际控制人与股东协议的特殊考量

1. 实际控制人的地位：实际控制人虽然可能并不直接持有公司股份，但通过协议、关系或其他安排，能够实际支配公司行为。因此，实际控制人与股东之间的协议往往涉及公司控制权的分配、利益调整等核心问题，需要特别谨慎对待。
2. 股东权利的保护：在签订协议时，应充分考虑股东的权利保护问题。例如，协议不得剥夺股东的知情权、表决权等基本权利，否则可能引发法律纠纷。
3. 公司章程与协议的协调：如果协议内容与公司章程存在冲突，应以公司章程为准。因为公司章程是公司的“宪法”，具有最高的法律效力。因此，在签订协议时，应确保协议内容与公司章程相协调，避免产生法律冲突。

四、法律建议

1. 签订前咨询专业律师：在签订实际控制人与股东之间的协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容合法合规，避免潜在的法律风险。
2. 明确协议条款：协议应明确约定双方的权利义务、违约责任等关键条款，确保协议的可执行性。
3. 保留相关证据：在协议履行过程中，应保留好相关证据（如转账记录、沟通记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

总结来说，实际控制人与股东之间的协议在符合法律规定且不存在无效情形时，是具有法律效力的。但为了避免潜在的法律风险，建议在签订前咨询专业律师，并确保协议内容合法合规、条款明确。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。