法人和实控人之间的协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的法定条件
根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：
行为人具有相应的民事行为能力：这意味着法人和实控人作为协议的双方，都必须具备签订协议的法律能力。法人作为组织体，其民事行为能力通过法定代表人或授权代表行使；实控人则需是具备完全民事行为能力的自然人。
意思表示真实：协议必须是双方真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫或误解等情形。如果协议是在一方被欺诈或胁迫的情况下签订的，那么该协议可能被认定为无效。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容必须合法，不得违反法律的强制性规定或公序良俗。例如，协议中不得包含逃避税收、洗钱等违法内容。
二、协议可能无效的情形
尽管法人和实控人之间的协议在符合法定条件的情况下是有效的，但也存在一些可能导致协议无效的情形：
协议内容违法：如果协议内容违反了法律的强制性规定，如涉及非法交易、逃避监管等，那么该协议将被认定为无效。
损害第三方利益：如果协议可能损害第三方的合法权益，如债权人的利益，那么该协议可能不会被法律支持。因为法律不仅要保护协议双方的权益，也要维护第三方的合法权益。
以合法形式掩盖非法目的：如果双方签订协议的目的是为了掩盖非法行为，如洗钱、行贿等，那么该协议将被认定为无效。
三、实务建议
明确协议内容：在签订协议时，双方应明确协议的内容、目的和双方的权利义务，避免出现模糊不清或容易引起歧义的条款。
遵守法律法规：协议内容必须合法，不得违反法律的强制性规定或公序良俗。双方在签订协议前，应仔细审查协议内容，确保其合法性。
考虑第三方利益：如果协议可能涉及第三方的利益，双方应谨慎处理，避免损害第三方的合法权益。必要时，可以征求第三方的意见或进行协商。
保留证据：在签订协议后，双方应妥善保管协议文本和相关证据，以备不时之需。如果发生争议，这些证据将有助于维护双方的合法权益。
举例说明：假设某公司的法人A与实控人B签订了一份协议，约定A在公司中的某些决策需经B同意。如果这份协议是双方真实意愿的体现，且内容不违反法律的强制性规定，那么这份协议就是有效的。但如果协议中包含了A对公司侵权行为免责的条款，且该条款违反了法律对法人法定责任的规定，那么这部分条款可能就是无效的。
如果您在法人和实控人协议方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。