通过司法认证的断绝关系的协议书，在大多数情况下是无效的，尤其是当涉及亲属关系（如父母子女关系）时。以下从不同角度进行详细分析：
一、亲属关系的法律性质
亲属关系，特别是父母子女关系，是基于出生这一自然事件而形成的法律关系，具有极强的身份属性和社会伦理基础。这种关系不是通过简单的协议就能断绝的，因为它涉及到法律上的权利和义务，如赡养、继承等。因此，即使双方签订了断绝关系的协议书，并试图通过司法认证来确认其效力，这样的协议书在法律上也是无效的。
二、协议内容的合法性
违反法律强制性规定：如果协议书的内容违反了法律的强制性规定，如试图通过协议来逃避法定的赡养义务或继承权利，那么这样的协议书是无效的。因为法律对于亲属关系中的权利和义务有明确的规定，不允许当事人通过协议来随意改变。
违背公序良俗：断绝亲属关系的协议书往往违背了社会的公序良俗。亲属关系是社会的基本单元，维护亲属关系的和谐稳定是法律的重要目标之一。因此，法律不会允许当事人通过协议来破坏这种关系。
三、司法认证的作用与限制
司法认证，通常指的是对协议书的真实性、合法性进行确认的过程。然而，司法认证并不能改变协议书本身的违法性或违背公序良俗的性质。即使协议书经过了司法认证，如果其内容违反了法律的强制性规定或违背了公序良俗，那么这样的协议书在法律上仍然是无效的。
四、特殊情况下的考虑
虽然大多数情况下断绝关系的协议书是无效的，但在某些特殊情况下，如收养关系的解除，是可以通过法律程序来实现的。然而，这并不意味着当事人可以随意签订协议来断绝收养关系。收养关系的解除必须遵循法律规定的程序和条件，如双方协商一致、向法院提出申请等。
五、法律建议
尊重法律与伦理：在处理亲属关系时，应尊重法律的规定和社会的伦理道德，不要试图通过签订协议来逃避法定的权利和义务。
寻求法律帮助：如果确实存在需要解除亲属关系的情况（如收养关系），建议寻求专业的法律帮助，了解法律规定的程序和条件，确保自己的权益得到合法保护。
谨慎签订协议：在签订任何涉及亲属关系的协议时，都应谨慎对待，确保协议内容合法、合规，并充分考虑其可能带来的法律后果。
综上所述，通过司法认证的断绝关系的协议书在大多数情况下是无效的。在处理亲属关系时，应尊重法律的规定和社会的伦理道德，不要试图通过简单的协议来改变这种关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。