诊所负责人未注册在诊所的，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据情节严重程度及当地法规确定。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《医疗机构管理条例》及《医师执业注册管理办法》，医疗机构负责人必须依法注册并取得执业资格，且注册地点需与实际执业机构一致。若负责人未在诊所注册，属于“未按照规定办理变更注册手续”或“允许未取得执业资格的人员在本机构执业”的违法行为，卫生健康行政部门将依法查处。

2. 具体处罚措施

   • 警告与罚款：
     若情节较轻（如首次违规、未造成严重后果），卫生行政部门可能对诊所发出警告，并处以3000元以下罚款（《医疗机构管理条例》第四十七条）。
     
   • 责令停业整顿：
     若负责人长期未注册或存在其他违法行为（如使用非卫生技术人员、超范围执业），可能被责令停业整顿1-6个月，并吊销《医疗机构执业许可证》。
     
   • 对负责人个人的处罚：
     若负责人同时为执业医师，可能因“未按照注册的执业地点执业”被处以警告、暂停执业活动3-6个月，甚至吊销医师执业证书（《医师法》第五十七条）。

3. 情节严重性的认定
   处罚力度需结合以下因素综合判断：

   • 违规持续时间（如数月未注册 vs. 数年未注册）；
     
   • 是否导致医疗事故或患者损害；
     
   • 诊所是否存在其他违法行为（如虚假宣传、非法行医）；
     
   • 当地卫生行政部门的执法标准（部分地区可能从严处罚）。

4. 合规建议

   • 诊所应立即为负责人办理执业注册变更手续，确保注册信息与实际一致；
     
   • 定期自查执业资质，避免因疏忽导致违法；
     
   • 若负责人已离职，需及时变更诊所负责人信息，避免“名实不符”。

温馨提示：若您或您的诊所涉及此类问题，建议尽快整改并咨询当地卫生行政部门，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案例为您详细解答。