执业医师在药店坐诊但未在该药店注册的，属于违法行为，将面临警告、罚款甚至吊销执业证书的处罚。具体分析如下：
法律依据与违法性认定
根据《中华人民共和国医师法》第十四条及《医师执业注册管理办法》相关规定，医师经注册后可在医疗卫生机构中执业，且执业地点、类别、范围需与注册内容一致。若医师在药店坐诊但未在该药店完成执业注册，即构成“未经注册在注册地点外从事诊疗活动”的违法行为。
处罚措施与裁量标准
- 警告与罚款：根据《医师法》第五十七条，县级以上人民政府卫生健康主管部门可责令改正，给予警告，并处一万元以上三万元以下的罚款；情节严重的，可暂停六个月以上一年以下执业活动直至吊销医师执业证书。
- 情节严重情形：包括多次违法、造成医疗事故、拒不改正等。例如，若医师在药店坐诊期间开具处方导致患者损害，可能被认定为“情节严重”，面临更严厉处罚。
- 药店连带责任：药店若允许未注册医师坐诊，可能因违反《药品管理法》中“不得聘用未取得合法资质人员从事诊疗活动”的规定，被处以警告、罚款甚至吊销药品经营许可证。
实务建议
- 合规操作：医师若需在药店坐诊，应提前向所在地卫生健康主管部门申请变更或增加执业地点注册，确保注册信息与实际执业机构一致。
- 风险防范：药店应严格审核医师资质，避免因程序瑕疵引发法律风险；医师本人也需保留注册变更记录，以备查验。
- 争议解决：若已因未注册坐诊被处罚，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，但需注意时效（通常为知道处罚之日起60日内复议、6个月内诉讼）。
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