助理医师未在诊所注册，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据情节严重程度确定。以下从不同角度详细分析：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《中华人民共和国医师法》第十三条、第五十九条，医师需经注册后在医疗机构中执业，未注册者不得独立从事诊疗活动。若助理医师未注册即开展诊疗，属于违法执业行为，卫生健康行政部门将依法处罚。

2. 具体处罚措施

   • 警告或罚款：对未注册的助理医师个人，可能处以警告或三万元以下罚款（《医师法》第五十九条）。
     
   • 责令改正：要求立即停止违法执业行为，限期完成注册。
     
   • 对诊所的连带责任：若诊所明知助理医师未注册仍允许其执业，可能被认定为使用非卫生技术人员，依据《医疗机构管理条例》第四十七条，处以一万元以上十万元以下罚款，情节严重者吊销《医疗机构执业许可证》。

3. 情节严重情形
   若未注册执业导致医疗事故、患者损害等严重后果，可能面临：

   • 刑事责任：涉嫌非法行医罪（《刑法》第三百三十六条），处三年以下有期徒刑、拘役或管制；造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。
     
   • 行业禁入：卫生健康行政部门可暂停其执业活动，直至吊销执业资格。

4. 合规建议

   • 助理医师：应尽快完成执业注册，避免独立开展诊疗活动（需在执业医师指导下工作）。
     
   • 诊所：需严格审核医护人员资质，建立合法执业档案，定期自查。

温馨提示：医疗行业资质管理严格，建议提前咨询当地卫生健康部门或直接向我提问，确保合规执业。