结论：劳动法并未明确规定旷工允许扣两天工资，具体的扣款情况应依据公司的合法规章制度、劳动合同或员工手册等文件来确定，但扣款必须合法、合理且不超过法定限制。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者合法权益的基本原则，意味着用人单位不能随意扣减劳动者的工资。
用人单位规章制度的合法性：
- 用人单位可以制定内部规章制度来管理员工，包括旷工的处理方式和处罚措施。但这些规章制度必须通过民主程序制定，内容不得违反法律、行政法规及政策规定，并且需要向劳动者公示或告知。如果规章制度中的扣款规定显失公平，如旷工一天扣两天工资，这样的规定在司法实践中可能不会被完全支持，甚至可能被认定为无效。
合法的扣款方式：
- 如果劳动者旷工，用人单位可以依据合法有效的规章制度扣除其旷工期间的工资作为处罚，但扣除的金额应与旷工造成的实际损失相当，不能过度惩罚。例如，不能因旷工一天而扣除两天的工资，除非这能证明是旷工给用人单位造成的直接经济损失，且该损失金额合理。
- 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。同时，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
公司规定的参考性：
- 具体的扣款情况还需参考所在公司的相关规定和劳动合同中的约定。这些文件应明确旷工的定义、处理方式和相应的处罚措施。公司在制定相关规章制度时，必须确保其内容的合法性和合理性，不能违反劳动法的相关规定。
劳动者的权益保护：
- 如果劳动者对扣款有疑问或不满，有权与公司的人力资源部门或相关部门进行沟通，并可以寻求法律帮助以维护自己的合法权益。劳动者应了解自己的权益，遇到不合法的扣工资行为时，能够依法维权。
举例说明：
假设某员工月工资为5000元，因旷工一天，公司依据规章制度扣除其两天工资，即1000元。但这样的扣款可能不合理，因为旷工一天通常不会给公司造成1000元的直接经济损失。如果公司无法证明这一点，那么这样的扣款可能被视为违法。相反，如果公司能够证明旷工一天给其造成了500元的直接经济损失，并且按照劳动合同的约定要求员工赔偿，那么扣除500元是合法的，但扣除的金额仍不得超过员工当月工资的20%，即1000元（在此案例中，500元未超过该限制）。
建议：
- 用人单位在制定规章制度时，应确保扣款规定的合法性和合理性，避免过度惩罚劳动者。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权益和义务，遇到不合理的扣款行为时，及时与公司沟通或寻求法律帮助。
总之，旷工扣工资的问题需要综合考虑法律规定、用人单位的规章制度以及劳动合同的约定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。