在调解案件达成协议后，通常的处理方式是结案而非撤案，但具体还需根据案件的性质和调解的阶段来决定。以下是对这一问题的详细分析：
一、调解达成协议后的常规处理
结案：
- 在大多数情况下，当调解双方达成协议后，案件会以结案的方式处理。这意味着案件已经通过调解得到了解决，双方达成了共识，并签署了调解协议。
- 结案后，案件将不再进入诉讼程序，调解协议具有法律效力，双方应当履行协议中的义务。
调解协议的法律效力：
- 调解协议一旦签署，即具有法律约束力。如果一方不履行协议，另一方可以向法院申请强制执行。
- 调解协议的内容通常包括双方的权利和义务、履行期限、违约责任等，是双方自愿达成的合意。
二、特殊情况下的撤案
调解在诉讼前进行：
- 如果调解是在诉讼前进行的，并且双方达成了调解协议，那么原告可以选择撤诉。撤诉后，案件将不再进入诉讼程序，调解协议同样具有法律效力。
- 但需要注意的是，撤诉是原告的权利，被告不能强迫原告撤诉。如果原告选择继续诉讼，案件将按照诉讼程序进行。
调解在诉讼过程中进行：
- 如果调解是在诉讼过程中进行的，并且双方达成了调解协议，法院通常会根据调解协议制作调解书，并送达双方当事人。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，案件以调解方式结案。
- 在这种情况下，撤案并不是常规操作，因为调解书已经具有法律效力，案件已经得到了解决。
三、法律建议
明确调解协议的内容：
- 在签署调解协议前，双方应当明确协议的内容，包括各自的权利和义务、履行期限、违约责任等。确保协议内容清晰、明确，避免后续产生纠纷。
考虑调解协议的履行：
- 签署调解协议后，双方应当积极履行协议中的义务。如果一方不履行协议，另一方可以向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：如果你对调解协议的内容、法律效力或履行有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
四、可能的法律后果
- 如果调解协议得不到履行，一方可以向法院申请强制执行，这可能会给违约方带来法律上的不利后果，如被列入失信被执行人名单、限制高消费等。
- 如果调解协议存在瑕疵或无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗等），双方可能需要重新协商或通过诉讼解决纠纷。
综上所述，调解案件达成协议后，通常的处理方式是结案。但在特定情况下（如诉讼前调解且原告选择撤诉），也可能涉及撤案。无论哪种情况，双方都应当明确调解协议的内容，并积极履行协议中的义务。如果你对调解协议或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询。