结论：法院在已知双方存在保密协议的情况下，是否将第三方拉入诉讼，需根据具体案情和法律规定来判断，不能一概而论其合法性。以下从多个角度进行分析：

一、保密协议的法律效力与范围

1. 保密协议的法律约束力：保密协议是双方之间就特定信息保密达成的合意，具有法律约束力。它要求协议双方不得泄露或不当使用协议中约定的保密信息。

2. 保密协议的范围：保密协议通常明确规定了保密信息的范围、保密期限、保密义务以及违约责任等。然而，保密协议一般仅约束协议双方，对第三方没有直接的约束力。

二、法院将第三方拉入诉讼的合法性分析

1. 诉讼参与人的确定：在民事诉讼中，诉讼参与人的确定通常基于案件事实、法律规定以及诉讼程序的需要。法院有权根据案件情况，决定是否将与案件有利害关系的第三方拉入诉讼。

2. 第三方与案件的关系：

   • 必要共同诉讼人：如果第三方与案件的处理结果有法律上的利害关系，且必须共同进行诉讼才能查明案件事实或保护各方权益，那么法院可以将其列为必要共同诉讼人。
   • 无独立请求权第三人：如果第三方与案件的处理结果有法律上的利害关系，但并非必须共同进行诉讼，那么法院可以通知其作为无独立请求权第三人参加诉讼。

3. 保密协议与诉讼参与人的关系：保密协议的存在并不直接决定第三方是否能被拉入诉讼。法院在决定是否将第三方拉入诉讼时，会综合考虑案件事实、法律规定以及诉讼程序的需要，而不仅仅是基于保密协议的存在。

三、可能的情况与建议

1. 第三方掌握关键证据或信息：如果第三方掌握与案件相关的关键证据或信息，且这些证据或信息对于查明案件事实至关重要，那么法院可能会将其拉入诉讼，以便获取这些证据或信息。在这种情况下，即使双方存在保密协议，法院也可能基于诉讼程序的需要，要求第三方提供相关信息。

2. 第三方与案件有直接利害关系：如果第三方与案件有直接利害关系，如作为合同的一方或侵权行为的受害者等，那么法院可能会将其列为诉讼参与人，以保护其合法权益。

3. 建议：

   • 对于协议双方：如果担心保密信息在诉讼中被泄露，可以在保密协议中明确约定诉讼中的保密义务，并寻求法院对保密信息的保护。
   • 对于第三方：如果被法院拉入诉讼，应积极配合法院的调查和审理工作，同时根据自身情况，考虑是否需要提出独立的诉讼请求或抗辩。

总结：法院在已知双方存在保密协议的情况下，是否将第三方拉入诉讼，需根据具体案情和法律规定来判断。如果第三方与案件有直接利害关系或掌握关键证据，法院可能会将其拉入诉讼。在这种情况下，协议双方和第三方都应积极配合法院的工作，并寻求法律保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。