结论：借贷双方通过两次转账并出具了两份借条的情况下，诉讼时既可以按照一个案件起诉，也可以分开起诉，具体取决于案件的具体情况和当事人的选择。以下是对这两种方式的详细分析：
一、按照一个案件起诉
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人有权选择将多个相互关联的诉讼请求合并提起诉讼，以提高诉讼效率，减少诉讼成本。
适用情形：
- 如果两次转账和两份借条之间存在紧密的关联，例如是基于同一借款合同或同一借款事实产生的，那么可以将它们视为一个整体，按照一个案件起诉。
- 这样做的好处是可以避免重复诉讼，减少当事人的诉讼负担，同时也有利于法院全面、客观地审理案件。
注意事项：
- 在按照一个案件起诉时，需要确保两份借条和两次转账之间的关联性得到充分的证明，以便法院能够准确认定案件事实。
- 如果两份借条的借款金额、借款期限、利率等条款存在差异，需要在起诉时明确说明，并解释这些差异对案件处理的影响。
二、分开起诉
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人也有权选择将多个相互独立的诉讼请求分别提起诉讼。
适用情形：
- 如果两次转账和两份借条之间缺乏紧密的关联，例如是基于不同的借款合同或不同的借款事实产生的，那么可以考虑分开起诉。
- 这样做的好处是可以更清晰地展示每个借款事实的具体情况，便于法院分别审理和判决。
注意事项：
- 在分开起诉时，需要分别准备两份起诉状和相关证据材料，并分别向法院提起诉讼。
- 需要注意的是，分开起诉可能会增加当事人的诉讼成本和时间成本，因此需要谨慎考虑。
三、综合建议
- 评估关联性：在决定是按照一个案件起诉还是分开起诉时，首先需要评估两次转账和两份借条之间的关联性。如果它们之间存在紧密的关联，建议按照一个案件起诉；如果缺乏紧密的关联，则可以考虑分开起诉。
- 考虑诉讼成本：除了关联性外，还需要考虑诉讼成本的问题。按照一个案件起诉可以减少诉讼成本和时间成本；而分开起诉则可能会增加这些成本。因此，在做出决定时需要综合考虑这些因素。
- 咨询专业律师：由于每个案件的具体情况都不同，因此在做出决定前最好咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况提供针对性的建议，帮助当事人做出更明智的选择。
最后，借贷双方通过两次转账并出具了两份借条的情况下，诉讼方式的选择需要综合考虑案件的具体情况、关联性以及诉讼成本等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。