盖有公司公章的股份转让协议，在一般情况下是具有法律效力的，但并非绝对合法有效，其合法性还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、公章的法律效力

公章是公司对外表示意思的重要工具，具有法律效力。在股份转让协议上加盖公司公章，通常意味着公司对该协议内容的认可和接受，是公司意思表示的一种外在表现。因此，从形式上看，盖有公司公章的股份转让协议是具备法律效力的。

二、股份转让的合法性判断

然而，股份转让的合法性并不仅仅取决于是否盖有公司公章，还需要考虑以下因素：

1. 转让程序是否合法：

   • 股份转让应遵循公司章程和相关法律法规的规定。例如，有限责任公司股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意，并书面通知其他股东征求同意。
   • 如果股份转让未按照法定程序进行，即使协议上盖有公司公章，也可能因程序违法而无效。

2. 转让内容是否合法：

   • 股份转让协议的内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定或损害公司、其他股东或债权人的利益。
   • 如果协议内容存在违法或违规情形，如低价转让、逃避债务等，即使盖有公司公章，也可能被认定为无效。

3. 公司内部决策是否有效：

   • 股份转让可能涉及公司内部决策，如董事会决议、股东会决议等。如果这些内部决策存在瑕疵或无效情形，也可能影响股份转让协议的合法性。
   • 例如，如果董事会决议未经合法程序作出或存在欺诈、胁迫等情形，那么基于该决议签订的股份转让协议也可能被认定为无效。

三、实际案例与法律建议

• 实际案例：在实际操作中，曾有公司因未按照法定程序进行股份转让，导致转让协议被法院认定为无效。即使协议上盖有公司公章，但由于转让程序违法，法院仍判决转让无效。
• 法律建议：
  1. 在签订股份转让协议前，应仔细审查公司章程和相关法律法规，确保转让程序合法合规。
  2. 协议内容应明确、具体，避免存在违法或违规情形。
  3. 如果涉及公司内部决策，应确保决策程序合法有效，并保留相关证据。
  4. 在签订协议时，建议由专业律师进行审查，以确保协议的合法性和有效性。

总结来说，盖有公司公章的股份转让协议在形式上具备法律效力，但其合法性还需结合转让程序、转让内容以及公司内部决策等因素综合判断。如果你在股份转让过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。