自建房买卖合同协议书签订后能否办理土地使用证，需分情况讨论，核心取决于土地性质及是否符合法定条件，具体分析如下：

1. 若土地性质为集体建设用地（如宅基地）
   根据《土地管理法》第六十二条，宅基地使用权仅限本集体经济组织成员享有，且遵循“一户一宅”原则。若买卖双方均属同一集体经济组织成员，且买方符合宅基地申请条件（如无其他宅基地），可依法办理土地使用权变更登记，取得土地使用证；若买方非本集体成员，或卖方存在“一户多宅”等违规情形，则无法办理过户，合同可能因违反法律强制性规定被认定无效。

2. 若土地性质为国有建设用地（如划拨或出让土地）

   • 划拨土地：需经县级以上人民政府批准，补缴土地出让金并转为出让性质后，方可办理过户。若未履行审批程序，仅签订买卖合同无法直接取得土地使用证。
     
   • 出让土地：若自建房所占土地为出让取得，且买方符合规划、用途等要求，双方依法签订合同并完成权属变更登记后，买方可取得土地使用证。关键点在于合同效力及登记程序是否合法。

3. 实务操作中的核心风险

   • 合同效力风险：若土地性质或买卖主体不符合法定条件，合同可能被认定无效，导致买方无法主张权属。
     
   • 登记障碍：即使合同有效，若未补缴土地出让金、未通过规划审批或未完成测绘等前置程序，登记部门可能拒绝办理过户。
     
   • 历史遗留问题：部分自建房因历史原因未取得合法用地手续（如无建设用地规划许可证），需先补办手续才能过户。

建议：签订买卖合同前，务必核查土地性质（通过不动产登记中心查询）、卖方权属证明（如土地使用证、规划许可证）及买方资格（如集体成员身份）。若涉及划拨土地或集体用地，建议提前咨询自然资源部门，明确审批流程及费用，避免合同履行障碍。如有具体案例，可进一步提供土地性质、买卖双方身份等信息，以便针对性分析。