若在投标过程中发现标书内毕业证是假的，这属于严重的违法行为，需立即采取以下措施处理：

1. 立即停止投标活动：

   • 一旦发现标书中的毕业证是伪造的，应立即停止参与该投标活动，避免进一步卷入违法行为。

2. 内部调查与核实：

   • 对提供假毕业证的个人或部门进行内部调查，核实其伪造证件的动机和过程。
   • 收集相关证据，如伪造毕业证的原件、复印件、电子版等，以及可能涉及的通信记录、交易记录等。

3. 法律责任分析：

   • 民事责任：伪造毕业证可能构成欺诈行为，如果因此给招标方或其他投标方造成损失，需承担相应的民事赔偿责任。
   • 行政责任：根据相关法律法规，伪造、变造或者使用伪造、变造的学历证书等证件的，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
   • 刑事责任：如果伪造毕业证的行为情节严重，构成犯罪的，如伪造事业单位印章罪等，将依法追究刑事责任。

4. 采取补救措施：

   • 如果可能，及时向招标方说明情况，提供真实的学历证明或其他相关证据，以减轻或避免法律责任。
   • 如果已经因伪造毕业证而获得了不正当利益，应主动退还或赔偿，以表明诚意和合作态度。

5. 加强内部管理：

   • 对公司或组织的内部管理进行审查，加强员工诚信教育，完善证件审核机制，防止类似事件再次发生。
   • 建立健全的内部控制体系，确保所有提交的文件和资料都是真实、合法、有效的。

6. 寻求法律帮助：

   • 在处理此类事件时，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
   • 律师可以根据具体情况，提供针对性的法律策略，帮助应对可能的法律纠纷和处罚。

后续注意事项：

• 在未来的投标活动中，应加强对所有提交文件的审核力度，确保所有文件都是真实、合法、有效的。
• 提高员工的法律意识和诚信意识，避免类似违法行为的发生。
• 如果发现其他投标方存在类似违法行为，应及时向招标方或相关监管部门举报，以维护公平竞争的市场环境。