合同过期后三个月清退的赔偿问题，需根据合同类型、约定条款及实际履行情况综合判断，具体赔偿方式如下：

1. 若合同明确约定了过期后的处理方式及赔偿标准
   根据《民法典》第470条，合同内容由当事人约定。若合同中已明确约定“合同到期后三个月内清退的，需支付XX元违约金/赔偿金”，或约定了“自动续期条件”，则直接按合同条款执行。
   示例：租赁合同约定“到期后未续签但承租人继续使用，出租人未提出异议的，视为不定期租赁；若出租人要求清退，需提前30日通知并支付承租人1个月租金作为补偿”，则按此约定赔偿。

2. 若合同未约定或约定不明，需根据实际损失赔偿
   根据《民法典》第584条，违约方需赔偿守约方因违约造成的实际损失，包括直接损失（如搬迁费用、临时住宿费）和可得利益损失（如因清退导致的生意中断损失），但需以“可预见性”为限。
   关键点：

   • 守约方需举证损失金额（如发票、合同、证人证言等）；
     
   • 若清退方无过错（如合同因法定事由终止），可能无需赔偿；
     
   • 若清退方存在过错（如故意拖延导致损失扩大），需承担相应责任。

3. 特殊合同类型的处理规则

   • 租赁合同：根据《民法典》第733条，租赁期限届满，承租人应返还租赁物。若承租人继续使用，出租人未提出异议的，原合同继续有效（转为不定期租赁），出租人可随时解除但需合理期限通知。赔偿通常限于实际损失（如租金差额、物品损坏）。
     
   • 劳动合同：合同到期后未续签但劳动者继续工作的，视为按原条件续订；用人单位清退需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 服务合同：如合同未约定续期条款，服务提供方在合同到期后继续提供服务的，可能构成新合同关系，清退时需根据实际服务内容结算费用。

建议行动步骤：

1. 核对合同原文，确认是否有关于“过期后清退”的明确约定；
   
2. 收集因清退导致的实际损失证据（如费用单据、沟通记录等）；
   
3. 若协商无果，可向法院起诉，主张赔偿实际损失或按合同约定执行。
   

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况为您分析赔偿方案。