结论：
- 检察院不予起诉且签了认罪认罚的情况下，当事人通常不会留下传统意义上的“案底”。但需要注意的是，相关记录仍可能存档并在特定情况下被查阅。
- 这种情况一般不会影响子女入党，但具体还需根据党组织的审查标准和程序来判断。
详细解释：
一、关于“案底”的问题
“案底”通常指的是在公安机关、检察机关或法院等司法机关留下的犯罪记录或涉案记录。在刑事案件中，当嫌疑人或被告人自愿认罪、认罚，并与检察机关达成不起诉协议后，其是否会留下“案底”是许多人关心的问题。
法定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大等六种情形之一，不追究刑事责任，已经追究的应撤销案件、不起诉、终止审理或宣告无罪。
- 在这种情况下，由于法律层面不认为构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
酌定不起诉：
- 依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可作出不起诉决定。
- 尽管犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，但由于情节轻微等原因，检察院决定不起诉。在我国司法实践中，这种不起诉通常不会留下传统意义上的犯罪案底。
证据不足不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查后仍证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定。
- 由于现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，按照疑罪从无的原则，不能认定有罪，因此不会产生案底。
然而，即使检察机关决定不起诉，公安机关的侦查卷宗仍然会存档保存。这意味着虽然没有正式的刑事判决，但相关记录仍然存在，并可能在某些特定情况下（如行政审批、就业审查等环节）被查阅或考虑。但这些记录并不等同于传统意义上的“案底”，它们不会对个人未来的生活、工作产生直接的、决定性的影响。
二、关于子女入党的问题
子女入党是一个严肃的政治过程，需要经过党组织的严格审查。在审查过程中，党组织会综合考虑多个因素，包括但不限于个人的政治表现、道德品质、家庭背景等。
一般情况：
- 如果父母因为检察院不予起诉且签了认罪认罚而没有留下传统意义上的“案底”，那么这种情况一般不会对子女入党产生直接的负面影响。
特殊情况：
- 如果党组织的审查标准较为严格，或者认为父母的涉案记录可能对子女的政治表现产生间接影响，那么可能会要求子女提供更多的证明材料或进行更深入的审查。
- 此外，如果父母的行为涉及到了严重的违法犯罪活动（即使最终未被起诉），或者对子女的成长产生了不良影响，那么这也可能成为党组织考虑的因素之一。
建议：
- 如果您或您的家人面临类似情况，建议保持诚信和积极配合的态度，按照党组织的审查要求提供相关材料和信息。
- 同时，也可以主动向党组织说明情况，表达自己对党的忠诚和对政治生活的积极态度，以争取党组织的理解和支持。
最后，虽然检察院不予起诉且签了认罪认罚通常不会留下传统意义上的“案底”，但个人仍需注意遵守法律法规，避免涉及违法犯罪行为，以维护自己的良好记录和声誉。如果您有任何法律问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。