结论前置：

1. 签了认罪认罚具结书且最终被决定不起诉，一般情况下不会留下传统意义上的“案底”。
2. 但公安机关的侦查卷宗会存档保存，相关记录在特定情况下可能被查阅或考虑。
3. 取保候审的保证金在取保候审结束且无违规行为时，会依法退还。

详细分析：

一、关于“案底”的问题

在刑事案件中，当嫌疑人或被告人自愿认罪、认罚，并与检察机关达成不起诉协议后，其是否会留下“案底”是许多人关心的问题。首先，我们需要明确，“案底”通常指的是在公安机关、检察机关或法院等司法机关留下的犯罪记录或涉案记录，这些记录可能对个人未来的生活、工作产生一定影响。

针对这一问题，我们可以从不同类型的不起诉情况来详细分析：

1. 法定不起诉：

   • 根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大等六种情形之一，不追究刑事责任，已经追究的应撤销案件、不起诉、终止审理或宣告无罪。
   • 在这种情况下，由于法律层面不认为构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。

2. 酌定不起诉：

   • 依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可作出不起诉决定。
   • 尽管犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，但由于情节轻微等原因，检察院决定不起诉。在我国司法实践中，这种不起诉通常不会留下传统意义上的犯罪案底。

3. 证据不足不起诉：

   • 根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查后仍证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定。
   • 由于现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，按照疑罪从无的原则，不能认定有罪，因此不会产生案底。

然而，值得注意的是，即使检察机关决定不起诉，公安机关的侦查卷宗仍然会存档保存。这意味着虽然没有正式的刑事判决，但相关记录仍然存在，并可能在某些特定情况下（如行政审批、就业审查等环节）被查阅或考虑。但这些记录并非传统意义上的“案底”，它们不会对个人产生像犯罪记录那样的长期负面影响。

二、关于取保候审保证金的问题

取保候审是刑事诉讼中的一种强制措施，它允许犯罪嫌疑人在不被羁押的情况下等待审判。为了确保犯罪嫌疑人在取保候审期间不逃避或妨碍诉讼，通常会要求其提供一定的保证金或提出保证人。

• 保证金的退还：根据《刑事诉讼法》的相关规定，取保候审结束时，如果犯罪嫌疑人没有违反取保候审的规定，保证金应当依法退还。这意味着，如果当事人在取保候审期间表现良好，没有逃避或妨碍诉讼的行为，那么其提供的保证金将在取保候审结束后得到退还。

三、综合建议

1. 了解法律程序：对于涉及刑事案件的当事人来说，了解法律程序和相关规定是非常重要的。这有助于他们更好地维护自己的合法权益，避免因为不了解法律而做出错误的决策。

2. 遵守法律法规：无论案件结果如何，当事人都应该遵守法律法规，避免再次涉入法律纠纷。这有助于维护他们的良好记录和声誉，为未来的生活和工作打下坚实的基础。

3. 咨询专业律师：如果当事人对法律程序或相关规定有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询。作为专业律师，我可以提供针对性的解答和指导，帮助他们更好地应对法律问题。

综上所述，签了认罪认罚具结书且最终被决定不起诉的情况下，一般不会留下传统意义上的“案底”。但个人仍需注意遵守法律法规，避免涉及违法犯罪行为。同时，在取保候审期间应遵守相关规定，以确保保证金的顺利退还。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。