签认罪认罚书后检察院以情节轻微为由决定不起诉，一般情况下不会留下传统意义上的“案底”，但相关记录仍可能存档并在特定情况下被查阅。以下是对此问题的详细分析：
一、不起诉决定的类型与案底的关系
法定不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第十六条，若案件存在情节显著轻微、危害不大等情形，不追究刑事责任，人民检察院应当作出不起诉决定。
- 在这种情况下，由于法律层面不认为构成犯罪或不应追究刑事责任，因此不会留下案底。
酌定不起诉：
- 依据《刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可作出不起诉决定。
- 尽管犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，但由于情节轻微等原因，检察院决定不起诉。在我国司法实践中，这种不起诉通常不会留下传统意义上的犯罪案底。但需要注意的是，相关记录仍可能存档，并在特定情况下（如行政审批、就业审查等环节）被查阅或考虑。
证据不足不起诉：
- 根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查后仍证据不足的案件，人民检察院应作出不起诉决定。
- 由于现有证据无法充分证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，按照疑罪从无的原则，不能认定有罪，因此不会产生案底。
二、认罪认罚书与案底的关系
签认罪认罚书本身并不直接决定是否会留有案底。关键在于检察院根据案件具体情况作出的不起诉决定的性质。如果是法定不起诉或证据不足不起诉，则不会留有案底；如果是酌定不起诉，虽然通常不会留下传统意义上的犯罪案底，但相关记录仍可能存档。
三、实际操作中的建议
- 了解当地司法机关的具体做法：虽然法律对不起诉决定和案底有明确规定，但具体操作中可能因地区而异。因此，建议了解当地司法机关的具体做法和解释。
- 保留相关证据和文件：如果被作出不起诉决定，建议保留好相关证据和文件，如不起诉决定书、认罪认罚书等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果对此仍有疑虑或担忧，或者面临具体的法律问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
四、法律背景与后果
- 法律背景：我国法律对犯罪记录和案底有严格的规定，旨在保护公民的合法权益，避免不必要的法律后果。同时，也鼓励犯罪嫌疑人或被告人认罪认罚，以减轻司法负担，提高司法效率。
- 法律后果：如果留下案底，可能会对个人未来的生活、工作产生一定影响，如影响就业、出国等。因此，了解并遵守法律规定，避免涉及违法犯罪行为，是维护个人良好记录和声誉的重要途径。
综上所述，签认罪认罚书后检察院以情节轻微为由决定不起诉，一般情况下不会留下传统意义上的“案底”。但为了确保个人权益，建议了解当地司法机关的具体做法，并保留好相关证据和文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。