结论：劳动合同中明确每周工作48小时是否合法，需根据具体情况判断。在标准工时制下，通常这种安排是违法的；但在特殊工时制下，并依法获得批准且确保劳动者权益的情况下，可能不构成违法。以下是对这一问题的详细分析：
一、标准工时制下的规定
法定标准工时：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保护劳动者身心健康和合法权益的基本法律限制。
- 若劳动合同中明确每周工作48小时，且未获得特殊工时制的批准，则超出了法定标准工时，属于违法延长工作时间。
加班与延长工作时间的限制：
- 依据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；特殊原因下需延长工作时间，每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 在标准工时制下，即使经过协商，每周工作48小时也远超出了月度加班时间的上限（36小时），因此是违法的。
二、特殊工时制的考量
综合计算工时工作制：
- 对于因生产特点不能实行标准工时制的企业，经劳动行政部门批准后，可以实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，工作时间以周、月、季、年等为周期进行综合计算，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 若综合计算周期内平均每周工作时间超过44小时，则可能构成违法。但若在特定周期内（如某个月工作较多，但其他月份工作较少，整体平均未超标），且已获得劳动行政部门的批准，则可能合法。
不定时工作制：
- 对于高级管理人员、外勤人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，经劳动行政部门批准可以实行不定时工作制。
- 此制度下无固定工作时间限制，但需确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
- 若劳动合同中明确每周工作48小时，但属于不定时工作制，且已获得劳动行政部门的批准，同时确保了劳动者的休息休假权利，则可能不构成违法。
三、劳动者的权益保护
劳动合同内容审查：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于工作时间、休息休假等条款，确保其符合法律法规规定。
- 若发现劳动合同中存在违法条款，如每周工作48小时且未获得特殊工时制的批准，劳动者有权拒绝签订或要求修改合同。
维权途径：
- 若用人单位违反劳动合同约定或法律法规，侵犯劳动者休息权等合法权益，劳动者可通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径进行维权。
- 在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、加班记录等，以便证明自己的权益受到了侵害。
四、合规建议
企业应严格遵守法律法规：
- 企业应确保员工的工作时间不超过法定标准，避免违法延长工作时间。
- 若因生产经营需要延长工作时间或采用特殊工时制，应事先与工会和劳动者协商，并获得劳动行政部门的批准。
依法支付加班费：
- 若企业安排劳动者加班，应依法支付加班费，以保障劳动者的合法权益。
保障劳动者休息休假权利：
- 企业应采取有效措施保障员工的休息休假权利，如合理安排工作任务、提供必要的休息设施等。
总结：劳动合同中明确每周工作48小时是否合法，需根据具体情况判断。在标准工时制下，通常构成违法；但在特殊工时制下，并依法获得批准且确保劳动者权益的情况下，可能不构成违法。企业和劳动者都应了解并遵守相关法律法规，以保障双方的合法权益。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。