行政协议资金占用费用是否可以按照《保障中小企业款项支付条例》来计算，这主要取决于行政协议的具体内容、签订主体以及资金占用的具体情况。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 行政协议的性质与签订主体：

   • 行政协议，通常指的是行政机关与公民、法人或其他组织之间，为实现行政管理目标或公共利益，按照双方意思表示一致而设立、变更或消灭双方行政法上权利义务的协议。
   • 如果行政协议的一方是行政机关，而另一方是中小企业，且协议内容涉及款项支付，那么该协议可能受到《保障中小企业款项支付条例》的规范。但关键在于，该条例主要规范的是机关、事业单位和大型企业与中小企业之间的款项支付问题，如果行政机关并非作为“买方”或“付款方”出现，而是作为监管者或服务提供者，则可能不直接适用该条例。

2. 资金占用的性质与费用计算：

   • 资金占用费用，通常指的是因一方占用另一方资金而应支付的费用，这可能包括利息、违约金等。
   • 如果行政协议中明确约定了资金占用的费用计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照协议约定来计算。
   • 如果行政协议未明确约定资金占用的费用计算方式，且该协议涉及中小企业款项支付，那么可以参照《保障中小企业款项支付条例》的相关规定来协商确定。但需注意，该条例主要规定的是逾期利息的计算方式（如“不得低于合同订立时1年期贷款市场报价利率”），并不直接规定资金占用的其他费用。

3. 行政协议的特殊性与法律适用：

   • 行政协议因其涉及公共利益和行政管理目标，往往具有一些特殊性，如协议条款可能受到更多法律、法规的约束，协议履行过程中可能涉及行政机关的裁量权等。
   • 在计算行政协议中的资金占用费用时，除了考虑《保障中小企业款项支付条例》外，还需考虑《中华人民共和国民法典》中关于合同、违约责任等的相关规定，以及行政协议本身可能涉及的特殊法律、法规。

4. 实际操作建议：

   • 在签订行政协议时，应明确约定资金占用的费用计算方式，以避免后续争议。
   • 如果行政协议已签订且未明确约定资金占用的费用计算方式，双方应协商确定。在协商过程中，可以参照《保障中小企业款项支付条例》的相关规定，但需注意该条例的适用范围和限制。
   • 如果双方无法协商一致，且该争议涉及法律适用问题，建议寻求专业法律帮助，以确定最合适的费用计算方式。

总结来说，行政协议资金占用费用是否可以按照《保障中小企业款项支付条例》来计算，并没有一个简单的“是”或“否”的答案。它取决于行政协议的具体内容、签订主体以及资金占用的具体情况。在处理此类问题时，建议综合考虑相关法律法规、协议约定以及实际情况，以确定最合适的费用计算方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。