在轻伤二级案件中，如果双方已经进行了调解并达成协议，那么后续的处理将主要围绕调解协议的履行以及刑事、民事部分的相应处理展开。以下是对这一问题的详细解答：
一、调解协议的履行
签订书面协议：
- 双方当事人在调解过程中达成一致后，法院会制作书面调解协议。这份协议将明确双方的信息、调解事项、赔偿数额、支付方式以及违约责任等关键内容。
- 双方需在协议上签字确认，一旦签字，调解协议即具有法律效力，双方必须严格遵守。
履行赔偿义务：
- 被告人需按照协议约定的时间和方式向被害人支付赔偿款。这通常包括医疗费、误工费、护理费等因伤害行为产生的直接和间接损失。
- 被害人在收到赔偿款后，应按协议约定出具谅解书，表明对被告人的谅解态度。
二、刑事部分的处理
可能不起诉：
- 如果犯罪嫌疑人与被害人达成和解协议，积极赔偿损失并取得谅解，且犯罪情节轻微、社会危害性不大，根据《刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院可以作出不起诉决定。
从轻、减轻处罚：
- 即使案件进入审判阶段，若被告人与被害人达成和解并取得谅解，法院在量刑时会考虑这一和解情节，对被告人从轻或减轻处罚。例如，原本可能判处较重刑罚的，可能因和解而减轻为有期徒刑并缓刑执行。
仍需判处实刑：
- 如果犯罪嫌疑人、被告人虽与被害人调解并赔偿，但犯罪情节恶劣、社会影响较大，或具有其他法定从重处罚情节（如累犯），法院仍可能判处实刑。
三、民事部分的处理
调解协议的约束力：
- 调解协议对民事赔偿部分具有法律约束力。一旦协议签订并履行完毕，被害人不得再就同一事实主张民事赔偿。
补充判决的可能性：
- 如果调解协议未涵盖所有民事赔偿事项，或调解后被害人发现新损失，可向法院提起民事诉讼。法院会根据具体情况进行补充判决，要求被告人承担相应的费用。
四、注意事项
保护隐私：
- 在整个调解和处理过程中，法院会严格保护双方当事人的隐私和个人信息，确保调解的合法性和有效性。
及时止损：
- 如果调解无法达成或矛盾激化，法院会及时终止调解程序，转入正常诉讼程序，以确保案件的公正处理。
法律监督：
- 法院会对调解过程进行监督，确保调解的合法性和有效性。如果发现调解过程中存在违法行为或不当行为，法院会及时予以纠正。
总结与建议：
轻伤二级案件调解后的处理是一个复杂而细致的过程，涉及刑事和民事两个方面的处理。建议当事人在涉及此类案件时，积极配合调查取证工作，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。通过综合运用法律知识，确保自身权益得到妥善维护。同时，也应注意保护个人隐私、及时止损并加强法律监督，以确保调解的合法性和有效性。