村委会转让给村民建厂房的土地二次转让未登记，一般是不合法的。以下从不同角度进行分析：

1. 从土地性质与转让规定角度：

   • 如果该土地属于集体建设用地，根据相关法律法规，集体建设用地的流转需要符合一定的条件和程序。通常，集体建设用地使用权转让应当签订书面合同，并依法办理土地变更登记手续。未登记的转让行为，在法律上可能不被认可，无法产生物权变动的效力，即受让方可能无法真正取得土地的使用权。
   • 若土地原本是农用地，村委会未经合法程序将其转为建设用地并转让给村民建厂房，这本身就是违法的行为。在此基础上进行的二次转让，无论是否登记，都是非法的，因为初始的转让行为就缺乏合法性基础。

2. 从合同效力与物权变动角度：

   • 即使双方签订了土地转让合同，但未办理登记手续，根据《民法典》中关于物权变动的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，未登记的土地转让合同，虽然可能在合同层面有效（如果满足合同生效的其他条件，如双方意思表示真实、不违反法律强制性规定等），但无法产生物权变动的法律效果，即受让方不能取得土地的使用权。

3. 从实际风险与后果角度：

   • 未登记的土地转让行为，对受让方来说存在极大的风险。因为未登记，土地的使用权在法律上仍然属于原出让方或村委会，受让方可能面临土地被收回、无法对抗第三人的权利主张等风险。
   • 如果未来涉及土地征收、拆迁等，未登记的受让方可能无法获得相应的补偿或权益保障。

建议：

• 对于已经发生但未登记的土地转让行为，双方应尽快协商并办理土地变更登记手续，以确保转让行为的合法性和有效性。
• 如果在办理登记过程中遇到障碍或问题，建议及时咨询专业律师或相关政府部门，了解具体的法律程序和要求，以便妥善解决。

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