在电动自行车与机动车相撞，且经交警部门认定双方承担主次责任的情况下，赔偿问题需依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例、《中华人民共和国民法典》（侵权责任编）等相关法律法规来处理。以下是对赔偿问题的详细解答：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 主责方（通常是机动车一方，但具体需根据事故情况由交警确定）通常承担70%至90%的赔偿责任。
- 次责方（电动自行车一方）则承担剩余比例的赔偿责任。
赔偿原则：
- 首先，由机动车的交强险在限额内全额赔付，这部分赔付是不分责任比例的。
- 超出交强险赔付限额的部分，再按照双方的责任比例进行分担。
二、赔偿项目与计算方式
（一）人身损害赔偿
- 医疗费：包括诊疗费、住院费、后续治疗费等，需凭票据进行实结算。
- 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况来确定，通常需要提供单位证明或纳税记录作为证据。
- 护理费：按照护理人员的收入或当地护工的标准来计算，护理期限最长不超过20年。
- 交通费：因就医产生的合理交通费用，需凭票据进行实结算。
- 营养费/住院伙食补助费：根据受害人的伤情和住院时间来酌情判定。
- 残疾赔偿金/死亡赔偿金：按照受诉法院所在地上年度城镇居民人均可支配收入来计算，赔偿年限最高可达20年。
- 精神损害抚慰金：根据受害人的伤残等级来酌定，一般每级在3000-5000元之间。
（二）财产损失赔偿
- 车辆维修费：以实际修复费用为准，需提供正规的维修发票作为证据。
- 车载物品损失：提供购买凭证或评估报告后，按照实际价值进行赔偿。
三、赔偿流程指引
报案与定责：
- 事故发生后，应立即报警并保护现场，等待交警到来进行勘查和定责。
- 交警会出具责任认定书，明确双方的主次责任比例。
保险理赔：
- 向主责方的保险公司提交相关材料，优先使用交强险进行赔付。
- 如果交强险赔付不足，再按照责任比例向商业险或主责方个人进行索赔。
协商调解：
- 如果双方对赔偿金额有争议，可以申请交警部门进行调解。
- 调解过程中，双方可以就赔偿项目、金额等进行协商，达成一致后签订调解协议。
诉讼维权：
- 如果调解不成，或者一方不履行调解协议，可以向法院提起诉讼。
- 诉讼过程中，需要提供医疗记录、工资流水、维修发票等证据来支持自己的索赔请求。
四、注意事项
证据留存：
- 保存所有与事故相关的医疗费用单据、收入证明、修车发票等原始材料。
- 这些材料是后续索赔的重要依据，务必妥善保管。
时效要求：
- 人身伤害索赔的诉讼时效为三年，财产损失索赔的诉讼时效为两年。
- 超过时效期限后，可能无法再通过法律途径进行索赔。
特殊情形处理：
- 如果电动自行车被认定为机动车但未投保交强险，次责方（电动自行车一方）可能需要在交强险限额内先行赔付。
- 这种情况下，次责方需要承担更多的赔偿责任，因此建议电动自行车车主及时投保交强险以降低风险。
综上所述，电动自行车与机动车相撞后的赔偿问题涉及多个方面，包括责任划分、赔偿项目与计算方式、赔偿流程以及注意事项等。建议当事人在遇到类似问题时，尽快咨询专业的律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。