当两辆电自行车相撞且确定了主次责任后，赔偿处理需要遵循一系列明确的步骤。以下是根据您提供的信息整合的详细解答：

一、确定责任比例

首先，要根据事故现场情况、交通法规遵守情况、证据收集以及车辆状况等因素，依据《道路交通事故处理程序规定》进行公正的责任判定。在主次责任的划分中，主要责任方通常承担70%-90%的赔偿责任，次要责任方则承担10%-30%的责任。具体比例会由交警根据事故的实际情况来认定。

二、计算总损失

损失主要包括人身损害和财产损失两部分：

• 人身损害：

  • 医疗费：根据医疗机构出具的收款凭证，结合病历和诊断证明来确定。
  • 误工费：根据误工时间和收入状况来计算。有固定收入的，按实际减少的收入算；无固定收入的，参照最近三年平均收入或当地相同行业平均工资。
  • 护理费、交通费、住宿费等其他合理费用：根据实际发生情况来计算。
  • 若造成伤残，还需赔偿残疾赔偿金、辅助器具费等。

• 财产损失：主要是电自行车的维修费用以及车上物品的损坏费用。

三、理赔流程

1. 交强险赔付（如适用）：

   • 如果电自行车符合一定标准（如达到机动车标准但未购买交强险），则应在交强险责任限额内进行赔偿。限额通常为死亡伤残18万元、医疗费用1.8万元、财产损失0.2万元。在交强险限额内，不区分主次责任，由承担交强险责任的一方全额赔偿对方损失。

2. 超出部分分担：

   • 超出交强险赔偿限额的部分，将按照主次责任比例进行分担。例如，如果总损失扣除交强险赔偿后为10万元，主要责任方承担80%，则需赔偿8万元；次要责任方承担20%，则需赔偿2万元。

3. 商业险赔付（如适用）：

   • 如果双方都有商业险，商业险也会按照相应的责任比例进行赔付。

四、协商与诉讼

• 协商解决：双方应首先尝试通过协商来确定赔偿金额和方式，并签订书面协议以明确各自的权利和义务。
• 申请调解：如果协商不成，可以请求交警部门或人民调解委员会等第三方机构进行调解。
• 诉讼解决：如果协商和调解均无法达成一致，可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。法院将根据事实和法律规定进行审理和判决。判决生效后，如果一方不履行赔偿义务，另一方可以申请强制执行。

五、注意事项

• 保留证据：事故发生后，应妥善保管好相关证据，如事故责任认定书、医疗费用发票、病历、电自行车维修发票、现场照片等。这些证据对于后续的赔偿处理至关重要。
• 及时报警：在事故中如果有人员受伤或财产损失较大时，应及时报警并通知保险公司（如果购买了保险）。
• 遵守法律：骑行者必须严格遵守交通规则，以确保自身和他人的安全。

综上所述，处理两辆电自行车相撞事故的赔偿问题需要明确责任比例、准确计算损失、合理利用保险赔付，并通过协商或诉讼来解决分歧。在整个过程中，保留证据和遵守法律是至关重要的。