检察机关免于起诉的公务员，其处理方式需结合具体情况，依据相关法律法规和纪律规定进行，通常包括纪律处分、职务调整以及后续监督等环节。以下是详细分析：

1. 免于起诉的含义与法律后果
   检察机关“免于起诉”（现称“不起诉”）是指对犯罪嫌疑人经审查认为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚时，依法作出的终止诉讼程序决定。根据《刑事诉讼法》第177条，不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形。对于公务员而言，即使被免于起诉，仍可能因涉嫌违法违纪面临行政处分，因为免于起诉仅表明刑事责任不成立，但行政责任仍需独立审查。

2. 纪律处分与职务调整

   • 纪律处分依据：根据《公务员法》第56条及《行政机关公务员处分条例》第17条，公务员被免于起诉的，若其行为违反行政纪律（如贪污、滥用职权等），即使未构成犯罪，仍可能受到警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等处分。
     
   • 处分程序：由公务员所在单位或纪检监察机关启动调查，根据违法违纪情节轻重提出处分建议，经任免机关或监察机关决定后执行。例如，若公务员因职务行为被免于起诉，可能面临撤职或开除；若与职务无关，则可能根据情节给予较轻处分。
     
   • 职务调整：即使未受处分，单位也可能基于形象考虑或岗位敏感性，对公务员进行调岗、降职等非处分性调整。

3. 后续监督与影响

   • 考核与晋升限制：根据《公务员考核规定（试行）》，被免于起诉的公务员在年度考核中可能被评定为不称职或基本称职，直接影响奖金、晋升资格。
     
   • 声誉影响：免于起诉记录可能纳入个人档案，对未来职业发展（如调动、遴选）产生隐性影响。
     
   • 申诉与救济：若公务员认为处分不当，可依据《公务员法》第95条申请复核或申诉，由同级公务员主管部门或上级机关重新审查。

建议：若涉及具体案件，需结合免于起诉的具体理由（如情节轻微、证据不足等）、公务员岗位性质及地方纪律规定综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合案例细节提供针对性分析。